GENOMER - genomics core facility | Core Facilities

Nos missions

La Plateforme Genomer a pour mission de soutenir la communauté scientifique en proposant :

Un service d’accompagnement complet pour la réalisation de projets de recherche en génomique (Conduite de Projet en Génomique – CPG)
La mise à disposition d’équipements performants, ainsi que le conseil et la formation des utilisateurs (Mise À Disposition – MAD)

Exemples d’applications :

Identifications bactériennes en symbiose avec les frénulés : espèces de vers marins dans 2 zones de la mer de Barents : échantillons ADNr 16S, génomes bactériens
Caractérisation des populations virales présentes dans l’huitre Crassostrea : génomes viraux
Caractérisation de génomes bactériens associés à Ectocarpus et Laminaria : génomes bactériens
Analyse de la communauté bactérienne associée aux tissus de l’algue brune Laminaria hyperborea en cours de dégradation : échantillons ADNr 16S
Projet ALGOLIFE / Etude du microbiote intestinal de poulet de chair suite à l’administration d’additif à base d’algue : échantillons ADNr 16S

Réseaux & infrastructures de recherche

Labellisation et démarche qualité

Genomer est labellisée IBISA depuis avril 2012.
La plateforme respecte les exigences du référentiel ISO9001-V2008.
Depuis 2015, la plateforme est engagée dans une démarche qualité commune au sein des trois stations marines EMBRC-FR : Banyuls-sur-Mer, Villefranche-sur-Mer et Roscoff.

Contact(s)

GENOMER
02 98 29 25 48
pf-genomer@sb-roscoff.fr

Document(s)

Fiche Contact

Document(s)

Publications Genomer

Services

Pour soumettre un projet ou pour un premier contact, veuillez remplir un « Formulaire de contact » et nous l’envoyer à l’adresse pf-genomer@sb-roscoff.fr.

Conduite de projet en Génomique

Le personnel de la plateforme assure :

la conduite du projet depuis l’examen de la demande à l’analyse primaire des données
la production de banques et la réalisation de séquençage haut débit (MiSeq - Illumina, MinION en développement) à partir de vos échantillons.

Applications proposées

Préparation de librairies et séquençage sur Séquenceur MiSeq-Illumina.
Séquençage de génomes microbiens
Amplicons
Ready-to-seq : séquençage de banques prêtes à séquencer

Processus de prise en charge

Analyse de la Fiche Contact et discussion avec l’utilisateur.
Évaluation de la faisabilité par l’équipe Genomer.
Émission d’une fiche d’engagement CPG et d’un devis lorsque le projet est clairement défini.
Démarrage du projet dès réception des documents signés (fiche d’engagement signée et bon de commande).

Si la demande ne peut être prise en charge (occupation, développement non disponible…), la plateforme peut orienter le projet vers une autre structure du réseau Biogenouest Génomique.

Gestion des données

Les données sont mises à disposition du porteur de projet.
Elles sont stockées en sécurité pendant deux mois après la remise des résultats.
Un bilan annuel d’activité recense les projets (titre) et leurs porteurs (nom).

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Mise A Disposition d’équipement (MAD)

La plateforme met à disposition divers équipements, nécessitant parfois une habilitation. Le personnel assure la formation des utilisateurs pour garantir une utilisation autonome et sécurisée.

Exemples d’équipements et usages

Vérification qualitative et quantitative des échantillons (Bioanalyzer, Qubit, Labchip GXt, Nanoquant)
Préparation de librairies avant séquençage MiSeq
Préparation d’échantillons avant séquençage MinION

Conditions d’utilisation

Un mode opératoire ou une notice d’utilisation est fourni pour chaque équipement.
Les utilisateurs peuvent solliciter l’équipe en cas de difficulté.
La plateforme garantit le bon fonctionnement des équipements sous réserve du respect des consignes.
Toute dégradation due à une mauvaise utilisation est à la charge de l’unité ou de l’organisme de rattachement de l’utilisateur

Réservation Pour les utilisateurs externes

La réservation se fait via EMBRC France

Réservation et accès pour les utilisateurs internes

les équipements se réservent via la plateforme GRR (Gestion et Réservation de Ressources).
La réservation est obligatoire et doit refléter le temps réel d’utilisation.
En cas de réservation abusive, la plateforme se réserve le droit de modifier les plages réservées et imposer des horaires afin de permettre à d’autres utilisateurs d’utiliser l’équipement.