Basile PAJOT

Détenteur d’un double diplôme entre une école d’ingénieur agronome (L’institut Agro Montpellier) et un master de Biodiversité et Écologie Évolutive (à l’Université de Montpellier), je suis actuellement doctorant en deuxième année à la Station Biologique de Roscoff, où j’ai réalisé mon stage de fin d’études. 

Je suis intéressé par des questions de spéciation et plus particulièrement les questions suivantes:

• Comment des barrières à la reproduction apparaissent et s’associent pour former des espèces différentes ?
• Comment évolue l’isolement entre espèces proches ?
• Comment évoluent des traits phénotypiques qui jouent un rôle dans une barrière à la reproduction ?
• Quel est le rôle joué par les remaniements chromosomiques dans le processus de spéciation ?
• Comment se traduit le processus de spéciation à l’échelle des génomes ?

Avec un attrait pour le développement méthodologique et technique.

1. Stage de fin d’études:

(Crédits d’image: arrière plan et dessin des littorines: Sean Stankowski)

De janvier à juillet 2024, j’ai réalisé une étude de génomique comparative de Littorina fabalis. Ce gastropode marin se rencontre sur la ceinture de fucus le long de l’estran et forme des zones hybrides entre écotypes localement adaptés à un gradient d’exposition aux vagues (voir Johannesson et al., 2025 ou Le Moan et al., 2016 pour des définitions d’écotype). De plus, ces écotypes se différencient par des inversions chromosomiques qui jouent un rôle dans l’adaptation locale. Nous avons donc comparé une zone hybride en Suède et une zone hybride en France avec des données de génomes complets.

Publication associée:

• Pajot B., Broquet T., Choo L. Q., Barry P., Faria R., Butlin R. K., Johannesson K., Le Moan A. (preprint). Inversions support both parallel and location-specific adaptations in snail ecotypes.
• Reeve J., Ghane A., Barry P., Balmori de la Puente A., Butlin R. K., Choo L. Q., Le Moan A., Garcia Castillo D., Peris Tamayo A. M., Kingston S., Leder E. H., Stankowski S., Pajot B (2024). A sequencing pipeline for processing short-read sequencing data from Littorina snails V.3. Protocols.io

Encadrement:

• Alan Le Moan
• Thomas Broquet

 2. Projet de thèse

(Crédits d’image: Thomas Broquet)

Depuis octobre 2024, je réalise une thèse sur l’évolution de l’isolement sexuel entre espèces du complexe d’isopodes marins Jaera albifrons. Ce complexe d’isopodes marins que l’on retrouve sur l’estran est composé de cinq espèces proches, dont quatre que l’on retrouve sur les côtes Européennes, qui ont chacune une parade nuptiale spécifique (voir les travaux de Solignac). Ces parades nuptiales constituent une barrière à la reproduction entre les espèces du complexe. Cependant, il n’est pas clair comment cette barrière sexuelle comportementale est apparue et a évolué dans les différentes espèces. C’est la question centrale de ma thèse. Pour répondre à cette question, nous avons des approches expérimentales de choix de partenaire et de croisements inter-spécifiques. 

(Figure de Ribardière et al., 2025)

De plus, les espèces de ce complexe présentent un polymorphisme chromosomiques important avec des fusions et fissions chromosomiques, translocations Robertsonniennes et inversions entre espèces (voir Ribardière et al., 2025). Cependant les espèces présentent également un polymorphisme chromosomique important au sein des espèces (voir Staiger et Bocquet 1956). La deuxième partie de ma thèse consiste donc à identifier le polymorphisme chromosomique entre espèces et comprendre le rôle que ces remaniements jouent dans le processus de spéciation. Pour répondre à ces questions, nous utilisons des données génomiques d’individus échantillonnés dans des populations naturelles.

Références:

• Johannesson K., Malmqvist G., Leder E., Stankowski S. (2025). Genomic insights into the origin of ecotypes. Trends in Ecology & Evolution.
• Le Moan A., Gagnaire P.-A., Bonhomme F. (2016). Parallel genetic divergence among coastal-marine ecotype paris of European anchovy explained by differential introgression after secondary contact. Molecular Ecology.
• Solignac M. (1978). Nature, Déterminisme et Origine des Mécanismes d’Isolement dans le Complexe Jaera albifrons (Isopodes, Asellotes).
• Ribardière A., Daguin-Thiébaut C., Coudret J., Le Corguillé G., Avia K., Houbin C., Loisel S., Gagnaire P.-A., Broquet T. (2025). Sex chromosomes and chromosomal rearrangements are key to behaviour sexual isolation in Jaera albifrons marin isopods. BioRxiv.
• Staiger H., Bocquet C. (1956). Les chromosomes de la super-espèce Jaera marina (F.) et de quelques autres Janiridae (Isopodes Asellotes). Bull. Biol. Fr. Belg.

Autres publications:

• Duthiel Y. J., Hamidi D., Pajot B. (2024). The Site/Group Extended Data Format and Tools. Society for Molecular Ecology and Evolution.