Plateforme de cristallographie - CristalO

Plateforme de cristallographie - CristalO

La plateforme technologique CristalO s’articule autour de deux services complémentaires : la cristallogenèse et la cristallographie.

Le service de cristallogenèse est dédié à la production de cristaux à partir d’échantillons de protéines solubles. 

Le service de cristallographie prend le relais pour la détermination de la structure tridimensionnelle des macromolécules étudiées.

Service de cristallogenèse :

Le service de cristallogenèse de la plateforme CristalO accompagne les projets depuis l’analyse initiale de l’échantillon jusqu’à l’obtention de cristaux optimisés pour la diffraction.

Il assure l’évaluation et l’optimisation de la qualité des échantillons protéiques afin qu’ils répondent aux critères nécessaires à la cristallisation.

La recherche des conditions de cristallisation repose sur des criblages adaptés, réalisés avec le robot nano-goutte Gryphon, permettant de tester un large panel de conditions tout en minimisant la quantité d’échantillon utilisée. 

Les cristaux obtenus sont ensuite reproduits et optimisés en adaptant les méthodes et les supports selon la nature de la protéine et les méthodes de diffraction. Différentes approches de cristallogenèse sont mises en œuvre, notamment : goutte suspendue, goutte assise, diffusion en harpe, puces CrystalChip, batch, microfluidique par dialyse… 

Ces méthodes complémentaires permettent d’ajuster finement les conditions expérimentales et d’obtenir des cristaux de qualité optimale pour les analyses structurales.

Lorsque nécessaire, le service prend également en charge la formation de complexes protéines–ligands, par diffusion ou co-cristallisation, pour générer des cristaux parfaitement adaptés à l’étude des interactions protéine/ligand.

Service de cristallographie :

Le service de cristallographie prend naturellement la suite de la cristallogenèse et assure l’étude structurale complète des macromolécules par cristallographie aux rayons-X.

Le service prend en charge l’identification du meilleur cryo-protectant, la congélation des cristaux, ainsi que la collecte des données de diffraction de rayons-X, réalisée notamment lors de sessions dédiées aux synchrotrons SOLEIL et ESRF.

Les données obtenues sont ensuite traitées avec les logiciels dédiés tels que présents dans CCP4 ou PHENIX. Le phasage est dans un premier temps basé sur le modèle prédite par AlphaFoldé ou 3, suivi par la construction du modèle, puis l’affinement de la structure 3D. Une attention particulière est portée à l’analyse structurale, à la qualité des données et à l’interprétation scientifique.

Le service assure également le traitement, la gestion et l’archivage des données, ainsi qu’un accompagnement pour le dépôt des structures à la Protein Data Bank (PDB) et l’aide à la rédaction d’articles.

La plateforme donne accès un large éventail et séries de logiciels de référence tels que XDS, CCP4, Phenix, Buster, MosFLM, Coot, PyMOL, Chimera, entre autres. Une formation à leur utilisation peut être proposée sur demande.

Grâce à cette expertise intégrée et à l’accès régulier aux lignes de lumière synchrotron, le service de cristallographie offre une prise en charge complète, fiable et performante pour la détermination et l’analyse de structures macromoléculaires par cristallographie des rayons-X.

En combinant ces deux expertises, la plateforme CristalO propose un accompagnement complet, depuis l’obtention des cristaux jusqu’à la détermination et l’analyse de la structure 3D.