ALGOMETABIONTE
Dynamique et co-évolution des interactions métaboliques au sein de l’holobionte algal
Funding
CNRS
Project leader(s)
Le projet Algométabionte étudie l’hypothèse de la coévolution fonctionnelle au sein de l’holobionte algal (supraorganisme constitué d’espèces hôtes et d’autres espèces plus petites vivant à l’intérieur) en combinant des approches expérimentales, des méthodes formelles et de l’apprentissage automatique. Le projet intègre l’étude globale des réseaux métaboliques à l’échelle du génome avec des analyses ciblées des voies de biosynthèse, y compris celles concernant le métabolisme spécialisé. La recherche s’articule autour de trois axes principaux :
- la génération de données sur les réseaux métaboliques à l’échelle du génome et sur des voies métaboliques spécifiques afin de comprendre leur évolution ;
- le développement de méthodes pour la prédiction de la complémentarité métabolique entre un hôte et ses symbiontes afin de prévoir des interactions métaboliques potentiellement bénéfiques pour les deux partenaires. Une partie de ces prédictions sont ensuite testées expérimentalement.
- l’étude de l’évolution de cette complémentarité métabolique entre les hôtes et les symbiotes afin de comprendre la dynamique sur le temps long de ces interactions. Cela passe par le développement de nouvelles méthodes en bioinformatique pour identifier des signaux de coévolution métabolique, ainsi que pour prédire des génomes ancestraux afin d’inférer les réseaux métaboliques associés.
Ce projet est le fruit de collaborations qui existent depuis plus de 15 ans entre les équipe ABIE et Dyliss, qui ont donné lieu à des résultats d’abord sur la compréhension du métabolisme de macroalgues d’intérêt, avant d’appréhender la compréhension globale de dizaines de de macroalgues et du rôle du microbiote sur le métabolisme des algues. Ce projet s’attaque à un nouveau verrou issu de ces apports scientifiques, à savoir développer des méthodes pour identifier des voies métaboliques sur lesquelles les connaissances sont extrêmement éparses (métabolisme spécialisé).
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