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Salle des serveurs - ABIMS - Wilfried Thomas

ABIMS - Plateforme de bioinformatique pour les sciences marines

La mission de la plateforme ABiMS à la Station Biologique de Roscoff est de former et d’accompagner les chercheurs de la communauté marine, et plus largement des sciences du vivant, dans l’analyse et la gestion de leurs données à l’aide de méthodes bioinformatiques. Elle fait partie des plateformes nationales de l’Institut Français de Bioinformatique (IFB).

ABiMS fait partie de l’Axe Bioinformatique du projet régional Biogenouest, aux côtés des plateformes de bioinformatique GenOuest et Bird, ainsi que du service SeBiMer d’IFREMER.

Grâce à ses nombreuses interactions avec les unités de recherche, ABiMS est partenaire de plusieurs projets de recherche nationaux et européens impliquant le développement d’activités de bioanalyse, d’ingénierie logicielle et d’infrastructures de calcul scientifique (65 publications en co-auteur au cours des cinq dernières années). La plateforme ABiMS a notamment développé une solide expertise dans l’analyse de données RNAseq d’espèces non modèles, couvrant un très large spectre phylogénétique d’organismes (procaryotes, champignons, protistes, macroalgues, plantes, mollusques, vertébrés). L’équipe a également contribué ces dernières années au développement de nombreuses bases de référence pour les données d’observation comme pour les données génomiques. 

Networks

IFB : Institut Français de Bioinformatique

Prestations

ABiMS propose des développements sur mesure aux équipes de recherche dans le cadre de collaborations scientifiques formalisées sous forme de projets.

Services proposés par la plateforme ABIMS

  • Ingénierie logicielle : création d’applications web, de logiciels et de bases de données
  • Analyse bioinformatique : analyse de données (RNA-seq, assemblage, etc.), workflows, etc.
  • E-infrastructure : cluster de calcul, Galaxy, JBrowse, Apollo, R, espace de stockage ou outils bioinformatiques
  • Gestion et accès aux données : accompagner les communautés scientifiques à toutes les étapes successives du cycle de vie des données de recherche
  • Support : assistance pour l’utilisation des ressources de la plateforme (logiciels, données, etc.)
  • Formation : formation aux méthodes et aux logiciels bioinformatiques

People