Assistant(e) ingénieur(e)

Assistante Ingénieure CNRS en Microbiologie et Biologie moléculaire du plancton marin au sein de l'équipe ECOMAP depuis décembre 2008

ECOMAP Team - UMR7144
estelle.bigeard@sb-roscoff.fr
N° ORCID : 0000-0003-2256-8986

parasitisme, Microbiologie moleculaire, Echantillonnage

 

Compétences

Parasites eucaryotes & Virus de microalgues

Microbiologie : Isolement Single-cell & cultures, collection de cultures de parasites eucaryotes de microalgues, infections croisées, cytométrie en flux, fuorimétrie PAM, développement de protocoles.

Biologie moléculaire : Extraction AND/ARN (cultures, échantillons environnementaux, single cell), PCR, RT-PCR, clonage, QPCR, séquençage (Sanger, Illumina), WGA, développement de protocoles, préparation de matériel pour des analyses génomique / transcriptomique

Echantillonnage : Elaboration de dispositif expérimentaux, Logistique (matériel/Equipement & échantillons)

LIMs (Resp.UMR7144) : Gestion du LIMs (Lab Information Management System, LabCollector), pilotage du comité "LabColad2m" (6 membres)

Elue aux conseils de Labo UMR7144 et au conseil de la FR2424, "Qualité Vie Travail" (brochure d’accueil), gestion des commandes

Valorisation / transfert de compétences : redaction des protocoles / M&M, formation Q-PCR & autres techniques...

 

Projets actuels

Projet PlanktonChange EC2CO (Frederic Gazeau, IMEV, 2019-2020): Impact du changement climatique global sur la composition et le fonctionnement des communautés planctoniques d'hiver et d'été en mer Méditerranée.

Projet TONGA ANR (Anne-Claire Baudoux, Sophie Bonnet, MIO, 2018-2021): Etude de l'impact des apports de micronutriments d'origine hydrothermale et volcanique sur les cycles biogéochimiques et les communautés planctoniques et virales (mission en mer Pacifique Sud Ouest 2019).

Projet PEACETIME (Anne-Claire Baudoux, Cécile Guieu, LOV, 2017): Etude de l'impact du dépôt de poussière (venant du Sahara) sur la diversité virale en mer Méditerranée

Projet EMBRC (Laure Guillou, 2018-2019): Isolement de parasites dans la baie de Villefranche-sur-Mer.

Projet X Life SEAgOInG (Laure Guillou et Johan Decelle, CEA Grenoble, 2018-2019) : SymbiosE plAncton Omics ImaGerie

 

Parcours

  • AU CNRS

2018 : Projet EMBRC - MALV-REF (Laure Guillou) - Towards a reference genomic database for Marine Alveolate parasites :

Organisation de la campagne d'échantillonnage, Echantillonage en mer, isolement, développement de protocoles d'extraction ADN/ARN single cell (transcriptomique single cell), RT-PCR, WGA

2017-2020: Projet PEACETIME (Anne-Claire Baudoux & Cécile Guieu, IMEV): Etude de l'impact des dépots de poussières (Sahara) sur la diversité virale et planctoniques en mer Méditerranée.

Collaboration Frederic Gazeau (LOV, Villefranche sur Mer) & co - Expérimentation à bord en Minicosmes

Collaboration Julie Dinasquet (Scripps University, California) et Céline Ridame (LOCEAN, Paris) - Diversité génétique 18s V4, 16s, and nifH - Metabarcoding Illumina

2017 : Collaboration Solène Geffroy PhD, Amandine Caruana (Ifremer, Nantes) - QPCR : détection de gènes de toxicité chez Alexandrium.

2015-2019 : ANR IMPEKAB (Fabrice Not) - Etude de l'impact des changements environnementaux sur les photosymbioses planctoniques :

Mise en place d’un dispositif expérimental permettant d’évaluer la sensibilité des photosymbioses planctoniques lors d’un stress thermique (Fluorimétrie PAM, transcriptomique) -Développement d'un protocole de purification des capsules centrales de différentes espèces de collodaires (Rhizaria) - analyse génomique

2016 : Collaboration Sarah Farhat PhD (Genoscope): Analyses transciptomiques de Amoebophrya - Cultures en grands volumes, dynamique d'infection en présence de différents hôtes au cours du temps.

2016 : Collaboration Sebastian Metz PhD (Instituto de Investigaciones Biotecnológicas - Buenos Aires - Argentina) - Diversity of photosynthetic picoeukaryotes in eutrophic shallow lakes (Metabarcoding Illumina - Séquençage MiSeq sur la Plateforme Genomer)

2015 : Collaboration Post-Doc Andres GUTIERREZ (Fabrice Not) - Metabarcoding sur les chantillons de la campagne CCE LTER en Californie (Banques de séquençage Illumina - Séquençage MiSeq sur la Plateforme Genomer).

2015 : Collaboration Tristan BIARD PhD - Diversité, biogéographie et écologie des Collodaires (Radiolaires) dans l'océan mondial

Métabarcoding sur la série saisonnière 2013-2014 de Villefranche sur Mer (extraction ADN, PCR, séquençage Illumina) et QPCR sur les espèces types de collodaria et solitaria (nombre de copie 18s)

2014-2019 : ANR HAPAR (Laure Guillou) : Paradoxe d'être un spécialiste pour un parasite de dinoflagellés responsables de bloom.

2013-2014 : Macumba EU Project (Laure Guillou et Fabrice Not) -Marine Microorganisms: Cultivation Methods for Improving their Biotechnological Applications :

Caractérisation d'organismes planctoniques (microalgues symbiotiques, radiolaires (Nasselaria) et de parasites eucaryotes de microalgues) - Etude de la répartition spatiotemporelle de microalgues et de parasites eucaryotes dans l'estuaire de la Penzé (QPCR, 454)

2013-2014 : Collaboration Ifremer, PALMITO Project (Raffaele Siano and Khadidja Klouch PhD) : Etude de paléoecologie de microalgues (Echantillonnage de sédiments, QPCR)

2010-2013 : ANR PARALEX (Laure Guillou) :

Isolement, mise en culture et caractérisation de pathogènes naturels dans la résilience des écosystèmes marins côtiers contaminés par des microalgues toxiques invasives (Alexandrium minutum) - Développement d'un protocole de récolte de souches en vue d'analyse de génomique-transcriptomique - Préparation du matériel pour 2 Génomes et Transcriptomes du parasite Amoebophrya (1 spécialiste et 1 généraliste)

2009 : A-L Sauvadet PhD- Interactions entre ciliés et métazoaires dans deux environnements marins contrastés : les sources hydrothermales et les sédiments anoxiques :

Extraction ADN, PCR, séquençage Sanger

2008-2010 : ANR AQUAPARADOX (Laure Guillou et Nathalie Simon) - Biodiversité des protistes aquatiques : le paradoxe.

Culture et caractérisation de microalgues toxiques invasives (Alexandrium minutum), d'autres Dinoflagellés (Scrippsiella, Ceratium) et de leurs parasites eucaryotes (Amoebophrya).

 

  • ANTERIEUR

2001-2008 : Technicienne Laboratoire DRUG R&D, Laboratoire de recherche en microbiologie (HB Drugeon et ME Juvin) :

Identification de souches batériennes. Développement de nouvelles méthodes de détermination de l'activité antibiotique. Recherche moléculaire des gènes de résistance aux antibiotiques.

2000 : Technicienne Laboratoire Lactalis Service Qualité - R&D :

Mise au point d'une méthode d'ATP métrie pour le contrôle qualité des produits laitiers.

 

TERRAIN

2019 : Campagne en mer TONGA (N/O Atalante) – Pacifique Sud-Ouest

2019 : Busan, Corée (PRC France-Corée)

2018 : Villefranche sur Mer (EMBRC project) (R/V Sajitta & Pelagia)

2017 : Campagne en mer PEACETIME (N/O Pourquoi pas?) – Mer Méditerranée.

2016 - Villefranche sur Mer (Projet Impekab) (N/O Pelagia)

2014 - Villefranche sur Mer (N/O Pelagia): Collodaires – Tests de spécificité entre radiolaires et symbiontes.

2014 - Naples: Isolement de Radiolaires

2013 - Morlaix Bay: Carottage sédiment: Germination de kystes de Dinoflagellés et datation.

2009 - 2012 – Estuaire de la Penzé (N/O Neomysis & Aurelia): Suivi annuel des espèces toxiques et de leurs pathogènes.

 

 

 

Publications

Host-parasite dynamics at different scales

  • François Blanquart, Myriam Valero, Catharina Alves-de-Souza, Aliou Dia, Frédéric Lepelletier, Estelle Bigeard, Christian Jeanthon, Christophe Destombe, Laure Guillou (2016). Evidence for parasite-mediated selection during short-lasting toxic algal blooms. In Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences Proc.R Soc.B 283:20161870

  • Z. Klouch K., Schmidt S., Andrieux-Loyer F., Le Gac M., Hervio-Heath D., N. Qui-Minet Z., Quéré J., Bigeard E., Guillou L. & Siano R. (2016). Historical records from dated sediment cores reveal the multidecadal dynamic of the toxic dinoflagellate Alexandrium minutum in the Bay of Brest (France). FEMS Microbiology Ecology. FEMSEC-16-02-0103.R1

  • Dia Aliou, Guillou Laure, Mauger Stéphane, Bigeard Estelle, Marie Dominique, Valéro Myriam, Destombe Christophe (2014). Spatiotemporal changes in the genetic diversity of harmful algal blooms caused by the toxic dinoflagellate Alexandrium minutum. Molecular Ecology. 23:549-560.

Taxonomy/diversity of marine parasites

  • Lepelletier Frédéric, Sergey A. Karpov, Sophie Le Panse, Estelle Bigeard, Alf Skovgaard, Christian Jeanthon, Laure Guillou (2014). Parvilucifera rostrata sp. nov. (Perkinsozoa), a novel parasitoid that infects planktonic dinoflagellates. Protist. 165:31-49
  • Lepelletier Frédéric, Sergey A. Karpov, Elisabeth Alacid, Sophie Le Panse, Estelle Bigeard, Esther Garcés, Christian Jeanthon, Laure Guillou (2014). Dinomyces arenysensis gen. et sp. nov. (Rhizophydiales, Dinomycetaceae fam. nov.), a chytrid infecting marine dinoflagellates. Protist. 165:230-244.
  • Laure Arsenieff, Nathalie Simon, Fabienne Rigaut-Jalabert, Florence Le Gall, Samuel Chaffron, Erwan Corre, Emmanuelle Com, Estelle Bigeard & Anne-Claire Baudoux - First Viruses Infecting the Marine Diatom Guinardia delicatula. Frontiers in Microbiology, Frontiers Media, 2019, 9, pp.3235. 

Host-Parasites Interactions / Symbioses

  • R. Cai, E. Kayal, C. Alves-De-Souza, E. Bigeard, E. Corre, et al. (2020) - Cryptic species in the parasitic Amoebophrya species complex revealed by a polyphasic approach. - Scientific Reports, volume 10, Article number: 2531, doi:10.1038/s41598-020-59524-z
  • Anne-Laure Sauvadet, Denis H. Lynn, Erwan G. Roussel, Sophie Le Panse, Estelle Bigeard, Joseph Schrével and Laure Guillou (2017) Redescription and phylogenetic analyses of Durchoniella spp. (Ciliophora,Astomatida) associated with the polychaete Cirriformia tentaculata (Montagu, 1808) European Journal of Protistology 61 (2017) 265–277
  • David Demory, Laure Arsenieff, Nathalie Simon, Christophe Six, Fabienne Rigaut-Jalabert, Dominique Marie, Pei Ge, Estelle Bigeard, Stéphan Jacquet, Antoine Sciandra, Olivier Bernard, Sophie Rabouille and Anne-Claire Baudoux (2017)Temperature is a key factor in Micromonas–virus interactions. ISME Journal. 1751-7362/17
  • Sarah Farhat, Isabelle Florent, Benjamin Noel, Ehsan Kayal, Corinne Da Silva, Estelle Bigeard, Adriana Alberti, Karine Labadie, Erwan Corre, Jean-Marc Aury, Stephane Rombauts, Patrick Wincker, Laure Guillou* and Betina M. Porcel*(2018) Comparative Time-Scale Gene Expression Analysis Highlights the Infection Processes of Two Amoebophrya Strains Front. Microbiol., https://doi.org/10.3389/fmicb.2018.02251
  • Mendez Sandin M., Pillet L., Biard T., Poirier C., Bigeard E., Romac S., Suzuki N. & Not F. 2018. Time calibrated morpho-molecular classification of Nassellaria (Radiolaria) bioRxiv
  • Emilie Villar*,Vincent Dani,Estelle Bigeard,Tatiana Linhart,Miguel Mendez Sandin,Charles Bachy,Christophe Six,Fabien Lombard,Cécile Sabourault,Fabrice Not* Symbiont chloroplasts remain active during bleaching-like response induced by thermal stress in Collozoum pelagicum (Collodaria, Retaria). Front. Mar. Sci. - Marine Ecosystem Ecology, Submitted on: 08 Jun 2018,DOI: 10.3389/fmars.2018.00387

Environmental ecology

  • S. Metz, A. Lopes dos Santos, M. Berman, E. Bigeard, M. Licursi, F. Not, E. Lara, F. Unrein (2019) - Has been uploaded to ScholarOne.Diversity of photosynthetic picoeukaryotes in eutrophic shallow lakes as assessed by combining flow cytometry cell-sorting and high throughput sequencing - FEMS Microbiology Ecology, 2019 FEMSEC-18-10-0598.R1
  • Tristan Biard, Estelle Bigeard, Stéphane Audic, Julie Poulain, Andres Guttierez-Rodriguez, Stéphane Pesant, Lars Stemmann and Fabrice Not (2017) Biogeography and diversity of Collodaria (Radiolaria) in the global oceans. ISME Journal. 1751-7362/17

 

seminar (oral communications)

IMBeR Future Oceans, 2019 Juin 17-21 - E. Bigeard, F. Gazeau, K. Desboeufs, C. Guieu, and AC. Baudoux - Response of viruses to dust deposition in present and future ocean : Results from PEACETIME miniscosm experiments.

GDR Génomique Environnementale - Marseille - Septembre 2017 - Estelle Bigeard, Catharina Alves-de-Souza, Karen Lebret, Dominique Marie, Marine Periot, Raffaele Siano, Christian Jeanthon, Laure Guillou - Parasite-microalgae specificity during annual dinoflagellate blooms, E. Bigeard [et al.] (sciencesconf.org:ge2017:161623)

 

Protocols.io

E. Bigeard - Collect of Amoebophrya parasite (free-living stage) for genomic and transcriptomic analyses V.1 - dx.doi.org/10.17504/protocols.io.vrye57w

E. Bigeard, Loïc Pillet, John Burns, Fabrice Not - Collect of Collodarian (Rhizaria, Radiolaria) nuclei for genomic analyses - dx.doi.org/10.17504/protocols.io.5kgg4tw