Research engineer

Bioinformatician / head of bioinformatic department

Erwan CORRE

Responsable du service Informatique et Bioinformatique de la Station Biologique de Roscoff. Responsable du scientifique de la plateforme de Bioinformatique ABiMS-IFB

Je suis responsable du Service Informatique et Bio-informatique de la FR2424 de la Station Biologique de Roscoff (SBR) (depuis février 2016) et je suis responsable du scientifique de la plate forme ABiMS (Analysis and Bioinformatic for Marine Science) de l'Institut Francais de Bioinformatique.


Ce service est composé de 15 personnes en octobre 2020 (3 IR, 1 postDoc, 9 IE, 1 AI, 1 T, dont 9 personnes en CDD).
Mon activité de responsable réponds à la mission de pilotage de l' infrastructure informatique et de soutien scientifique en interface avec les utilisateurs internes et externes à la SBR.
Je suit le travail de l'équipe informatique  en charge de l' environnement informatique (1800 points réseaux, 35 serveurs, 600 postes de travail, etc.) de la SBR. Je recherche les financements auprès des tutelles et des financeurs institutionnels et je m' assure de la continuité et de la qualité de service. Je pilote une plateforme de bio-informatique proposant une offre complète de service : calcul scientifique, analyse de données, ingénierie logicielle, formation. La plateforme ABiMS (Analysis and Bioinformatics for Marine Science) est porteuse ou impliquée dans 4 projets relevant des Investissements d' Avenir (EMBRC-France, IDEALG, OCEANOMICS, Institut Français de Bioinformatique) et 5 ANR. Plateforme est également engagée dans les projets européens ELIXIR et EOSClife. J' encadre une équipe d' ingénieurs et je leur donne leurs orientations.

En tant que bio-analyste, je réalise dans le cadre de projets de recherche l' analyse bio-informatique de données scientifiques en collaboration avec des équipes de la Station Biologique de Roscoff mais également avec d' autres équipes françaises et étrangères . Ce travail est valorisé par des publications régulières en tant que co-auteur et plusieurs communications (orales ou posters) par an.

J' assure une veille technologique dans le domaine de la bio-informatique (logiciels, méthodes) et de la génomique (analyses haut débit). J' assure un rôle de référent auprès de mes collègues dans les domaines des technologies de génomique.

Au sein de l'IFB je suis co responsable de l'action "acces aux utilisateurs" et impliqué dans le les actions modèle economique, formation et ELIXIR .

 

 

Publications

Xi Liu, Frédéric Hérault, Christian Diot, Erwan Corre. De novo transcriptome assembly and hepatic gene expression analyses in overfed and ad libitum fed Muscovy and Pekin ducks and their reciprocal inter-specific Mule and Hinny hybrids. BMC Genomics March 2020 DOI: 10.21203/rs.3.rs-18946/v1

Jean-Philippe Mevy, Beatrice Loriod, Xi Liu, Erwan Corre, Magali Torres, Michael Büttner, Anne Haguenauer, Ilja Marco Reiter, Catherine Fernandez, Thierry Gauquelin. Downy oak (Quercus pubescens Willd.) response to climate change: transcriptome assembly, differential genes analysis and targeted metabolomics. Plants 2020, 9(9), 1149; https://doi.org/10.3390/plants9091149

Hugo Doré,Gregory K. Farrant,Ulysse Guyet,Julie Haguait,Florian Humily,Morgane Ratin, Frances D. Pitt,Martin Ostrowski,Christophe Six,Loraine Brillet-Guéguen,Mark Hoebeke, Antoine Bisch,Gildas Lecorguillé,Erwan Corre,Karine Labadie,Jean-Marc Aury, Patrick Wincker,Dong H. Choi,Jae H Noh,Damien Eveillard,David J. Scanlan, Frédéric Partensky,Laurence Garczarek. Evolutionary mechanisms of long-term genome diversification associated with niche partitioning in marine picocyanobacteria.  Original Research, Front. Microbiol. - Aquatic Microbiology, DOI: 10.3389/fmicb.2020.567431

Louis Benoist , Baptiste Houyvet, Joël Henry, , Erwan Corre , Bruno Zanuttini and Céline Zatylny-Gaudin. Using in-depth in silico search to identify antimicrobials peptides from haemocytes in the cuttlefish Sepia officinalis after bacterial challenge.  Mar. Drugs 2020, 18(9), 439; https://doi.org/10.3390/md18090439

Albane Jouault, Angélique Gobet, Marjolaine Simon, Emilie Portier, Morgan Perennou, Erwan Corre, Fanny Gaillard, Eric Duchaud, David Vallenet, Gurvan Michel, Yannick Fleury Alexis Bazire Alain Dufour. Alterocin is an antibiofilm protein secreted by Pseudoalteromonas sp. 3J6.  AEM DOI: 10.1128/AEM.00893-20

Morgane Bonade, Atsushi Ogura, Yann Bassaglia, Erwan Corre, Laure Bonnaud-Ponticelli.Diversity of light sensing molecules and their expression during the embryogenesis of the cuttlefish (Sepia officinalis). Front. Physiol., 29 September 2020 | https://doi.org/10.3389/fphys.2020.521989

Benoist, Louis; Corre, Erwan; Bernay, Benoit; Henry, Joël; Zatylny-Gaudin, Céline . Omic analysis of Sepia officinalis white body: new insights into multifunctionality and haematopoiesis regulation". Journal proteome research . DOI: 10.1021/acs.jproteome.0c00100

L’Haridon S, Haroun H, Corre E, Roussel E, Morgane C, Pignet P, Balie`re C, la Cono V, Jebbar M, Yakimov M, Toffin L, Methanohalophilus profundi sp. nov., a methylotrophic halophilic piezophilic methanogen isolated from a deep hypersaline anoxic basin, Systematic and Applied Microbiology (2020), doi: https://doi.org/10.1016/j.syapm.2020.126107

Ulysse Guyet, Ngoc A. Nguyen, Hugo Doré, Julie Haguait, Justine Pittera, Maël Conan, Morgane Ratin, Erwan Corre, Gildas Le Corguillé, Loraine Brillet-Guéguen, Mark Hoebeke, Christophe Six, Claudia Steglich, Anne Siegel, Damien Eveillard, Frédéric Partensky, Laurence Garczarek. Synergic effects of temperature and irradiance on the physiology of the marine Synechococcus strain WH7803. Journal: Frontiers in Microbiology, section Aquatic Microbiology. https://doi.org/10.3389/fmicb.2020.01707

Anna P Muir, Stanislas F. Dubois, Rebecca E. Ross, Louise B. Firth, Antony M. Knights, Fernando P. Lima, Rui Seabra, Erwan Corre, Gildas Le Corguillé, Flavia L. D. Nunes. Seascape genomics reveals population isolation in the reef-building honeycomb worm, Sabellaria alveolata (L.). BMC Evolutionary Biology February 2020. DOI: 10.21203/rs.2.11848/v2

N'Zi Daniel Koua, Jésus Nú ñez-Rodriguez, Julie Orjuela, Céline Zatylny- Gaudin, Marie-Pierre Dubos, Benoît Bernay, Julien Pontin, Erwan Corre, Joël Henry. Identification and structural characterization of the factors involved in vitellogenesis and its regulation in the African Osteoglossiforme of aquacultural interest Heterotis niloticus (Cuvier, 1829). General and Comparative Endocrinology. DOI: 10.1016/j.ygcen.2020.113532

S. Dupont; A. Lokmer; E. Corre; J.-C. Auguet; B. Petton; E. Toulza; C. Montagnani; G. Tanguy; D. Pecqueur; C. Salmeron; L. Guillou; C. Desnues; B. La Scola; J. Bou Khalil; J. de Lorgeril; G. Mitta; Y. Gueguen; Jean-Michel Escoubas. Oyster hemolymph is a complex and dynamic ecosystem hosting bacteria, protists and viruses. Animal Microbiome volume 2, Article number: 12 (2020). https://doi.org/10.1186/s42523-020-00032-w

Ruibo Cai, Ehsan Kayal, Catharina Alves-de-Souza, Estelle Bigeard, Erwan Corre, Christian Jeanthon, Dominique Marie, Betina M. Porcel, Raffaele Siano, Jeremy Szymczak, Matthias Wolf & Laure Guillou . Cryptic species in the parasitic Amoebophrya species complex revealed by a polyphasic approach. Scientific Reports volume 10, Article number: 2531 (2020). https://doi.org/10.1038/s41598-020-59524-z

Bertille Burgunter-Delamare, Hetty KleinJan, Clemence Frioux, Enora Fremy, Margot Wagner, Erwan Corre, Alicia Le Salver, Cédric Leroux, Catherine Leblanc, Catherine Boyen, Anne Siegel, Simon M. Dittami. Metabolic complementarity between a brown alga and associated cultivable bacteria provide indications of mutually beneficial interactions. Frontiers in Marine sciences Front. Mar. Sci., 21 February 2020 | https://doi.org/10.3389/fmars.2020.00085

Dittami, Simon; Corre, Erwan; Guéguen, Loraine; Pontoizeau, Noé; Aite, Meziane; Avia, Komlan; Caron, Christophe; Cho, Chung Hyun; Collén, Jonas; Cormier, Alexandre; Delage, Ludovic; Doubleau, Sylvie; Frioux , Clémence; Gobet, Angélique; González-Navarrete, Irene; Grosillier, Agnes; Hervé, Cécile; Jollivet, Didier; Kleinjan, Hetty; Leblance, Catherine; Lipinska, Agnieszka; Liu, Xi; Marie, Dominique; Markov, Gabriel; Minoche, André; Monsoor, Misharl; Pericard, Pierre; Perrineau, Marie-Mathilde; Peters, Akira; Siegel, Anne; Siméon, Amandine; Trottier, Camille; Yoon, Hwan Su; Himmelbauer, Heinz; Boyen, Catherine; Tonon, Thierry. The genome of Ectocarpus subulatus – A highly stress-tolerant brown alga. Marine Genomics. https://doi.org/10.1016/j.margen.2020.100740

Arnaud Belcour, Jean Girard, Méziane Aite, Ludovic Delage, Camille Trottier, Charlotte Marteau, Cédric Leroux, Simon M. Dittami, Pierre Sauleau, Erwan Corre, Jacques Nicolas, Catherine Boyen, Catherine Leblanc, Jonas Collén, Anne Siegel, Gabriel V. Markov.Inferring biochemical reactions and metabolite structures to cope with metabolic pathway drift. accepted in iScience, Volume 23, Issue 2, 21 February 2020, https://doi.org/10.1016/j.isci.2020.100849

Cátia Monteiro, Sandra Heinrich, Inka Bartsch, Klaus Valentin, Erwan Corre, Jonas Collén, Lars Harms, Gernot Glöckner and Kai Bischof. Temperature Modulates Sex-Biased Gene Expression in the Gametophytes of the Kelp Saccharina latissima. Frontiers in Marine Science. 1 December 2019 | Volume 6 | Article 769 doi: 10.3389/fmars.2019.00769

Elham Karimi, Enora Geslain, Hetty KleinJan, Gwenn Tanguy, Erwan Legeay, Erwan Corre, Simon M Dittami. Genome sequences of seventy-two bacterial strains isolated from Ectocarpus subulatus: a resource for algal microbiology. Genome Biology and Evolution, 2019 . evz278, https://doi.org/10.1093/gbe/evz278

Nègre, Aite, Belcour, Frioux, Brillet-Guéguen, Liu, Bordron, Godfroy, Lipinska, Leblanc, Siegel, Dittami, Corre, and Markov, “Genome–Scale Metabolic Networks Shed Light on the Carotenoid Biosynthesis Pathway in the Brown Algae Saccharina japonica and Cladosiphon okamuranus,” Antioxidants, vol. 8, no. 11, pp. 564–23, Nov. 2019.DOI: 10.3390/antiox8110564

Annie Lebreton, Erwan Corre, Jean-Luc Jany, Loraine Gueguen, Carlos Perez-Arques, Misharl Monsoor, Robert Debuchy, Christophe Le Meur, Emmanuel Coton, Georges Barbier, Laurence Meslet-Cladière. Comparative genomics applied to Mucor species with different lifestyles. BMC Genomics volume 21, Article number: 135 (2020). https://doi.org/10.1186/s12864-019-6256-2

Monteiro, Catia; Li, Huiru; Bischof, Kai; Bartsch, Inka; Valentin, Klaus; Corre, Erwan; Collen, Jonas; Harms, Lars; Glöckner, Gernot; Heinrich, Sandra. Is local adaptation driving the transcriptomic responses to multiple stressors in the kelp Saccharina latissima? BMC Plant Biology https://doi.org/10.1186/s12870-019-2124-0

Marjorie Couton, Thierry Comtet, Sabrina Le Cam, Erwan Corre, Frédérique Viard. Metabarcoding on planktonic larval stages: an efficient approach for detecting and investigating life cycle dynamics of benthic aliens.2019. Management of Biological Invasions (2019) Volume 10, Issue 4: 657–689., https://doi.org/10.3391/mbi.2019.10.4.06

Alexandra Rahmani, Erwan Corre, Gaëlle Richard, Adeline Bidault, Christophe Lambert, Louisi Oliveira, Cristiane Thompson, Fabiano Thompson, Vianney Pichereau, Christine Paillard. Transcriptomic analysis of clam extrapallial fluids reveals immunity and cytoskeleton alterations in the first week of Brown Ring Disease development. Fish & Shellfish Immunology. Volume 93, October 2019, Pages 940-948. https://doi.org/10.1016/j.fsi.2019.08.025

Li, Huiru; Monteiro, Cátia ; Heinrich, Sandra; Bartsch, Inka ; Valentin, Klaus; Harms, Lars; Glöckner, Gernot ; Corre, Erwan; Bischof, Kai. Responses of the kelp <i>Saccharina latissima </i>(Phaeophyceae) to the warming Arctic: from physiology to transcriptomics. Physiologia Plantarum DOI:10.1111/ppl.13009

François Thomas, Erwan Corre & Aurélie Cébron .Stable isotope probing and metagenomics highlight the effect of plants on uncultured phenanthrene-degrading bacterial consortium in polluted soil. The ISME Journal (2019).https://doi.org/10.1038/s41396-019-0394-z