SulfAtlas : une base de données de classification générale des sulfatases
Les biomolécules sulfatés sont omniprésentes dans la nature et sont extrêmement diverses en structure chimique et en fonction biologique. Par exemple, tous les animaux marins, les plantes marine et les algues synthétisent des polysaccharides sulfatés comme composants majeurs de leur matrice extracellulaire. Dans le contexte de l’explosion des données génomiques, la prédiction de la fonction des nouvelles sulfatases est sujette à de nombreuses erreurs. Pour répondre à ce problème, l’équipe Glycobiologie Marine de la SBR, en étroite collaboration avec la plateforme bioinformatique ABIMS (SBR), a créé une base de données, SulfAtlas, qui classifie toutes les sulfatases disponibles sur la base de l’homologie de séquence. Le détail de ce travail collaboratif a été publié le 17 octobre 2016 dans le journal PLOS One. La base de données SulfAtlas sera régulièrement mise à jour et est librement disponible à l’adresse suivante : http://abims.sb-roscoff.fr/sulfatlas/.
Les biomolécules sulfatés sont omniprésentes dans la nature et sont extrêmement diverses en structure chimique et en fonction biologique. Par exemple les stéroïdes sulfates, les cérébrosides sulfates ou l’héparine ont des rôles vitaux chez l’homme et les animaux. Les plantes terrestres produisent de nombreux métabolites secondaires sulfatés qui agissent comme des molécules de défenses ou des signaux de communication. Les biomolécules sulfatés sont également ubiquitaires dans l’environnement marin, puisque tous les animaux marins, les plantes marine et les algues synthétisent des polysaccharides sulfatés comme composants majeurs de leur matrice extracellulaire.
Les sulfatases catalysent le clivage des groupements sulfates de tels composés et sont donc des enzymes essentielles dans le domaine biomédical, mais également en biologie, dans les processus environnementaux et en biotechnologie. Ces protéines ont été jusqu’à présent surtout étudiées dans le cas de sévères maladies génétiques chez l’homme et le nombre de sulfatases caractérisées est très limité en comparaison de la diversité des biomolécules sulfatés. Dans le contexte de l’explosion des données génomiques, la prédiction de la fonction des nouvelles sulfatases est donc actuellement sujette à nombreuses erreurs. Un système de classification permettant de mieux prédire la spécificité de substrat des sulfatases est donc urgemment requis.
Pour répondre à ce problème, l’équipe Glycobiologie Marine, en étroite collaboration avec la plateforme bioinformatique ABIMS, a créé une base de données, SulfAtlas, qui classifie toutes les sulfatases disponibles sur la base de l’homologie de séquence. Le détail de ce travail collaboratif a été publié le 17 octobre 2016 dans le journal PLOS One (http://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0164846). La base de données SulfAtlas sera régulièrement mise à jour et est librement disponible à l’adresse suivante : http://abims.sb-roscoff.fr/sulfatlas/.
Référence : Tristan BARBEYRON, Loraine BRILLET-GUÉGUEN, Wilfrid CARRÉ, Cathelène CARRIÈRE, Christophe CARON, Mirjam CZJZEK, Mark HOEBEKE and Gurvan MICHEL. (2016) Matching the diversity of sulfated biomolecules: creation of a classification database for sulfatases reflecting their substrate specificity (2016) PLOS One, 11:e0164846