Projets junior
En 2015, le programme CARESE-SU a soutenu 7 projets Junior. Ces projets sont des sujets de stage de Master, retenus pour la pertinence de la problématique et des objectifs, la pluridisciplinarité du sujet, mais également pour les perspectives à plus long terme.
Au niveau des marges continentales, les écosystèmes marins profonds de sources de fluides froids sont caractérisés par des émissions de fluides et de gaz, principalement du méthane. Cependant, cet important gaz à effet de serre est consommé via une oxydation anaérobie réalisée par des consortia microbiens composés d’archaea méthanotrophes associées à des bactéries sulfato-réductrices.
Ce projet a pour objectif de combiner des biomarqueurs lipidiques associés à leur composition en isotopes stables du carbone, à des analyses minéralogiques, isotopiques et microbiologiques sur des échantillons recueillis dans deux sites distincts de la mer de Marmara afin d’y caractériser la diversité microbienne et les processus microbiens d'oxydation du méthane dans les environnements sédimentaires des sources de fluides froids.
Les interactions entre plantes et pollinisateurs fournissent un service écologique majeur : elles conditionnent le rendement de 75% des espèces cultivées et la sécurité alimentaire. Dans les villes, de larges campagnes de sensibilisation ont abouti à des mesures de réhabilitation basées sur l’introduction massive de colonies d’abeilles domestiques.
La diversité et la densité de la faune sauvage avant/après introduction d’abeilles domestiques vont être analysées dans 10 sites (Paris et périphérie), afin de comprendre les conséquences des impacts anthropiques par l’introduction massive d’abeilles domestiques sur les communautés de pollinisateurs sauvages et sur le fonctionnement du service écologique de pollinisation.
De nombreux procaryotes possèdent une couche de surface (couche S), qui forme une matrice paracristalline rigide à la surface cellulaire et joue un rôle important dans l’intégrité de la paroi cellulaire, dans la protection face aux stress environnementaux diverses, mais également dans l’adsorption de métaux lourds.
Cependant, il n’existe actuellement aucune étude sur la phylogénie des protéines de couches S chez l’ensemble des procaryotes, et les modalités d’adaptation des protéines de couches S de différentes espèces à des paramètres environnementaux contraignants sont également méconnues.
Ce projet vise à examiner, à l’échelle moléculaire et cellulaire, d’une part la diversité évolutive des couches S chez les procaryotes et d’autre part la diversité des interactions métaux/vivant des couches S en fonction de leur variété de symétrie et de leurs propriétés physico-chimiques.
En 60 ans, la bande littorale a été fortement urbanisée et industrialisée, en parallèle à un développement exponentiel du trafic maritime et des infrastructures portuaires. Une conséquence directe de l’artificialisation du littoral est d‘une part la destruction et la fragmentation des habitats naturels, et d’autre part l’apparition de nouveaux substrats à coloniser avec la mise en place d’habitats artificiels (murs, pontons, piliers, etc). Ces changements environnementaux pourraient ainsi sélectionner les espèces les plus tolérantes à la perturbation, et/ou être profitable aux espèces opportunistes, et ainsi favoriser le succès des espèces non-indigènes en milieu portuaire. Cependant, il existe encore très peu d’études décrivant la biodiversité au sein de ces communautés en milieu artificiel.
Ce projet a pour but d’étudier l’effet de l’environnement portuaire sur la diversité de la communauté sessile sciaphile de substrats durs, le long d’un gradient environnemental depuis l’intérieur vers l’extérieur du port (milieu artificiel intra-port et hors port; et milieu naturel), en caractérisant la diversité des communautés par DNA barcoding, et en comparant les patrons de diversité le long du gradient environnemental.
Le champignon filamenteux Acremonium zeae est connu pour être un endophyte protecteur du maïs vis-à-vis de champignons ou bactéries pathogènes, notamment dû à sa capacité à produire des composés aux activités antibiotiques et antifongiques tels que les pyrrocidines.
L'objectif de ce projet est de concevoir des polymères à empreinte moléculaire (MIP pour Molecularly Imprinted Polymer), permettant de concentrer les composés cibles d’une façon sélective, à partir des pyrrocidines. En effet, des polyketide synthase - non ribosomal peptide synthetase (PKS-NRPS) pourraient être impliqués dans la biosynthese des pyrrocidines, car leurs métabolites ont des implications dans des activités antifongiques, antibiotiques, et dans des mécanismes de stimulation de défenses, mais demeurent difficilement détectables car produits en faible quantité. Ces MIP pourraient donc être utilisés pour identifier de nouvelles molécules, pouvant être des intermédiaires de biosynthèse et potentiellement bioactives, par criblage d’extraits de cultures de champignons.
Certains bivalves symbiotiques hydrothermaux possèdent dans des cellules spécialisées du tissu épithélial de leurs branchies, appelées bactériocytes, des endosymbiontes chimiosynthétiques de type gamma-protéobactéries, leurs permettant de coloniser ces milieux extrêmes.
L’étude proposée vise à mieux décrire l’implication des différents acteurs moléculaires liés à l’apoptose dans le maintien de la relation symbiotique par la régulation de l’excès potentiel de bacteriocytes.
Les poissons annuels du genre Austrolebias vivent dans des mares qui s'assèchent pendant l'été. Ils pondent des œufs dans le sol en hiver, qui n’écloront qu’à l’arrivée des pluies, le développement des embryons étant ralenti par un manque d'oxygène pendant que le sol est humide, et par des diapauses.
En changeant les conditions de stockage des embryons de 25 espèces du genre Austrolebias, ce projet à l'interface entre "evo-devo" et écologie a pour objectif de mieux prédire les effets du changement climatique et de la variabilité des conditions dans le sol sur la performance, la morphologie, et les traits d'histoire de vie de ces poissons annuels.
