Communautés pélagiques

Les suivis des communautés phytoplanctoniques dans les réseaux d'observation

Le phytoplancton est l'ensemble des organismes unicellulaires végétaux, eucaryotes et procaryotes, présents dans la colonne d’eau. Photosynthétiques, ces « producteurs primaires » sont le premier maillon des réseaux trophiques aquatiques. Ils jouent un rôle clé dans la production d’oxygène et la fixation du carbone atmosphérique à l’échelle du globe. L’ensemble de ces fonctions écologiques fait de l’étude du phytoplancton un paramètre d’intérêt fondamental pour la compréhension des écosystèmes marins. 

Les communautés phytoplanctoniques se caractérisent par une grande diversité de tailles et d'espèces. Comme tous les organismes du plancton, le phytoplancton est communément divisé en classes de tailles : le picophytoplancton (0.2 – 2 µm), le nanophytoplancton (2 – 20 µm) et  le microphytoplancton (>20 µm) (Sieburth et al. 1978). Cette diversité de taille au sein même d’un échantillon naturel requiert des méthodes d’études adaptées. Les fractions pico- et nano-phytoplanctoniques sont étudiées en cytométrie en flux (compteurs de particules) permettant de discriminer et de compter les cellules selon leurs pigments et leur taille. La fraction microphytoplanctonique est classiquement analysée en microscopie optique.

Depuis les années 2000, l'équipe Ecology of Marine Plankton de l'UMR7144 (ECOMAP) puis le Service Observation effectuent des suivis des populations phytoplanctoniques au point SOMLIT-Astan. Ces suivis portent sur toutes les fractions de tailles du phytoplancton :

• Pico/nanophytoplancton abondances et groupes fonctionnels déterminés en cytométrie en flux ;
• Microphytoplancton : abondances spécifiques déterminées en microscopie optique (méthode Utermöhl) ;
• Microphytoplancton (traits de filet de maille 20µm) : listes floristiques et inventaires en microscopie optique.

Les suivis des communautés microbiennes pélagiques

Dès le début des suivis au point SOMLIT-Astan, des échantillons d'ADN des communautés microbiennes pélagiques sont prélevés. Ils sont destinés à la production de données de génétiques (metabarcoding). Les ADN des échantillons de la période 2009 à 2016 ont été extraits puis analysés : marqueur eucaryote ribosomal 18SV4 (Caracciolo et al. 2022)