Assistant Engineer

Assistante Ingénieure en Microbiologie et Biologie moléculaire du plancton marin depuis 2008

Expériences

 

Assistante Ingénieure CNRS au sein de l'équipe DIPO (future équipe ECOMAP)

 

Projets en cours:

Projet ANR IMPEKAB (Fabrice Not, 2015-2019) : Etude de l'impact des changements environnementaux sur les photosymbioses planctoniques.

Projet ANR HAPAR (Laure Guillou, 2014-2019) :  Paradoxe d'être un spécialiste pour un parasite de dinoflagellés responsables de bloom.

Campagne PEACETIME (Anne-Claire Baudoux, 2017) : Etude de l'impact du dépôt de poussière (venant du Sahara) sur la diversité virale en Mer Méditerranée 

Projet EMBRC (Laure Guillou, 2018) : Isolement de parasites en Baie de Villefranche-sur-Mer

Projet ANR REGINE (Anne-Claire Baudoux, 2018-2019) : Description du microbiome des thonidés et  Thérapie phagique

Campagne TONGA (Anne-Claire Baudoux, 2019) : Etude de l'impact des apports de sources hydrothermales sur la diversité virale.

Collaborations : Génoscope ( Sarah Farhat PhD), Ifremer Nantes (Amandine Caruana et Solène Geffroy PhD)

 

2016 : Assistante Ingénieure CNRS (Sebastian Metz PhD, IIB-INTECH Buenos Aires) : Métabarcoding (Illumina)

2015 : Assistante Ingénieure CNRS (Andres Guttierez PostDoc, Fabrice Not) : Métabarcoding sur les échantillons de la Campagne CCE LTER en Californie (Illumina)

2014-2015 : Assistante Ingénieure CNRS (Tristan Biard PhD, Fabrice Not) : Etude de la répartition spatiotemporelle des Collodaires dans la Baie de Villefranche-sur-Mer et plus généralement dans les océans globaux (Métabarcoding sur la série saisonnière 2013-2014 de Villefranche sur Mer (Illumina), QPCR)

2013-2014 : Assistante Ingénieure CNRS - ANR Macumba (Laure Guillou et Fabrice Not) : Caractérisation d'organismes planctoniques (microalgues symbiotiques, radiolaires et de parasites eucaryotes de microalgues) - Etude de la répartition spatiotemporelle de microalgues et de parasites eucaryotes dans l'estuaire de la Penzé (QPCR, 454) / Collaborations Ifremer (Raffaele Siano et Khadidja Klouch) : Etude de Paléoécologie des microalgues (Echantillonnage des sédiments, QPCR)

2010-2013 : Assistante Ingénieure CNRS - ANR PARALEX (Laure Guillou) : Isolement, mise en culture et caractérisation de pathogènes naturels dans la résilience des écosystèmes marins côtiers contaminés par des microalgues toxiques invasives (Alexandrium minutum) - Développement d'un protocole de récolte de souches en vue d'analyse de génomique-transcriptomique - Préparation du matériel pour 2 Génomes et Transcriptomes du parasite Amoebophrya

2008-2010 : Assistante Ingénieure CNRS - ANR AQUAPARADOX (Laure Guillou et Nathalie Simon) : Culture et caractérisation de microalgues toxiques invasives (Alexandrium minutum) et autres Dinoflagellés

2001-2008 : Technicienne Laboratoire DRUG R&D, Laboratoire de recherche en microbiologie (HB Drugeon et ME Juvin) : Identification de souches batériennes. Développement de nouvelles méthodes de détermination de l'activité antibiotique. Recherche moléculaire des gènes de résistance aux antibiotiques.

2000 : Technicienne Laboratoire Lactalis Service Qualité - R&D : Mise au point d'une méthode d'ATP métrie pour le contrôle qualité des produits laitiers.

 

Echantillonnages

2009 à 2012 - Estuaire de la Penzé (Suivi annuel des espèces toxiques et de leurs pathogènes)

2013 - Baie de Morlaix (Carottes de sédiments : Germination de Kystes de Dinoflagellés et datation)

2014 - Villefranche sur Mer (Collodaires : Tests spécificité entre radiolaires et symbionts)

2014 - Naples (Radiolaires)

2016 - Villefranche sur Mer (Holobiontes Collodaires/symbiontes : projet Impekab)

2017 - Mer Méditerrannée (Campagne PEACETIME)

2018 - Villefranche sur Mer (projet EMBRC)

2018 - Océans Atlantique et Indien (projet ANR REGINE)

2019 - Pacifique Sud (Campagne TONGA )

 

 

Publications

Host-parasite dynamics at different scales

  • François Blanquart, Myriam Valero, Catharina Alves-de-Souza, Aliou Dia, Frédéric Lepelletier, Estelle Bigeard, Christian Jeanthon, Christophe Destombe, Laure Guillou (2016). Evidence for parasite-mediated selection during short-lasting toxic algal blooms. In Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences Proc.R Soc.B 283:20161870

  • Z. Klouch K., Schmidt S., Andrieux-Loyer F., Le Gac M., Hervio-Heath D., N. Qui-Minet Z., Quéré J., Bigeard E., Guillou L. & Siano R. (2016). Historical records from dated sediment cores reveal the multidecadal dynamic of the toxic dinoflagellate Alexandrium minutum in the Bay of Brest (France). FEMS Microbiology Ecology. FEMSEC-16-02-0103.R1

  • Dia Aliou, Guillou Laure, Mauger Stéphane, Bigeard Estelle, Marie Dominique, Valéro Myriam, Destombe Christophe (2014). Spatiotemporal changes in the genetic diversity of harmful algal blooms caused by the toxic dinoflagellate Alexandrium minutum. Molecular Ecology. 23:549-560. IF=6.275

Taxonomy/diversity of marine parasites

  • Lepelletier Frédéric, Sergey A. Karpov, Sophie Le Panse, Estelle Bigeard, Alf Skovgaard, Christian Jeanthon, Laure Guillou (2014). Parvilucifera rostrata sp. nov. (Perkinsozoa), a novel parasitoid that infects planktonic dinoflagellates. Protist. 165:31-49 IF = 4.14
  • Lepelletier Frédéric, Sergey A. Karpov, Elisabeth Alacid, Sophie Le Panse, Estelle Bigeard, Esther Garcés, Christian Jeanthon, Laure Guillou (2014). Dinomyces arenysensis gen. et sp. nov. (Rhizophydiales, Dinomycetaceae fam. nov.), a chytrid infecting marine dinoflagellates. Protist. 165:230-244. IF = 4.14

Host-Parasites Interactions / Symbioses

  • Anne-Laure Sauvadet, Denis H. Lynn, Erwan G. Roussel, Sophie Le Panse, Estelle Bigeard, Joseph Schrével and Laure Guillou (2017) Redescription and phylogenetic analyses of Durchoniella spp. (Ciliophora,Astomatida) associated with the polychaete Cirriformia tentaculata (Montagu, 1808) European Journal of Protistology 61 (2017) 265–277
  • David Demory, Laure Arsenieff, Nathalie Simon, Christophe Six, Fabienne Rigaut-Jalabert, Dominique Marie, Pei Ge, Estelle Bigeard, Stéphan Jacquet, Antoine Sciandra, Olivier Bernard, Sophie Rabouille and Anne-Claire Baudoux (2017)Temperature is a key factor in Micromonas–virus interactions. ISME Journal. 1751-7362/17
  • Sarah Farhat, Isabelle Florent, Benjamin Noel, Ehsan Kayal, Corinne Da Silva, Estelle Bigeard, Adriana Alberti, Karine Labadie, Erwan Corre, Jean-Marc Aury, Stephane Rombauts, Patrick Wincker, Laure Guillou* and Betina M. Porcel*(2018) Comparative Time-Scale Gene Expression Analysis Highlights the Infection Processes of Two Amoebophrya Strains Front. Microbiol., https://doi.org/10.3389/fmicb.2018.02251
  • Mendez Sandin M., Pillet L., Biard T., Poirier C., Bigeard E., Romac S., Suzuki N. & Not F. 2018. Time calibrated morpho-molecular classification of Nassellaria (Radiolaria) bioRxiv
  • Emilie Villar*,Vincent Dani,Estelle Bigeard,Tatiana Linhart,Miguel Mendez Sandin,Charles Bachy,Christophe Six,Fabien Lombard,Cécile Sabourault,Fabrice Not* Symbiont chloroplasts remain active during bleaching-like response induced by thermal stress in Collozoum pelagicum (Collodaria, Retaria). Front. Mar. Sci. - Marine Ecosystem Ecology, Submitted on: 08 Jun 2018,DOI: 10.3389/fmars.2018.00387

Environmental ecology

  • Tristan Biard, Estelle Bigeard, Stéphane Audic, Julie Poulain, Andres Guttierez-Rodriguez, Stéphane Pesant, Lars Stemmann and Fabrice Not (2017) Biogeography and diversity of Collodaria (Radiolaria) in the global oceans. ISME Journal. 1751-7362/17