Assistant(e) ingénieur(e)

Assistante Ingénieure CNRS en Microbiologie et Biologie moléculaire du plancton marin au sein de l'équipe ECOMAP depuis décembre 2008

en cours de modification ...

 

Compétences

Microbiologie : Isolement single cell et mise en culture de microalgues et de parasites, gestion d'une collection de parasites eucaryotes de microalgues, développement de protocole de cultures de parasites en grands volumes, infections croisées, cinétique d'infection, cytométrie en flux, fuorimétrie PAM

Biologie Moléculaire : Identification génétique (extraction ADN, PCR, séquençage Sanger), préparation de matériel pour des analyses de génomiques / transcriptomiques, développement de protocoles d'extraction ADN/ARN single cell (transcriptomique single cell), RT-PCR, WGA,  clonage, QPCR

Echantillonnage en mer : Mise en place des dispositifs d'échantillonage, rédaction des protocoles, logistique du matériel/équipements et du retour des échantillons

Responsable LIMs UMR7144: Mise en place et gestion du LIMs (Lab Information Management System LabCollector), pilotage d'un comité de 6 personnes

Elue au Conseil de Labo, Qualité Vie Travail (brochure d'accueil), gestion des commandes...

 

Expériences au CNRS

2018 : Projet EMBRC - MALV-REF (Laure Guillou) -  Towards a reference genomic database for Marine Alveolate parasites :

Organisation de la campagne d'échantillonnage, Echantillonage en mer, isolement, développement de protocoles d'extraction ADN/ARN single cell (transcriptomique single cell), RT-PCR, WGA

2015-2019 : ANR IMPEKAB (Fabrice Not) - Etude de l'impact des changements environnementaux sur les photosymbioses planctoniques :

Mise en place d’un dispositif expérimental permettant d’évaluer la sensibilité des photosymbioses planctoniques lors d’un stress thermique (Fluorimétrie PAM, transcriptomique) -Développement d'un protocole de purification  des capsules centrales de différentes espèces de collodaires (Rhizaria) - analyse génomique

2016 : Sebastian Metz PhD (Instituto de Investigaciones Biotecnológicas - Buenos Aires - Argentina)

Banques de séquençage Illumina (Diversity of photosynthetic picoeukaryotes in eutrophic shallow lakes) - Séquençage MiSeq sur la Plateforme Genomer

2015 : Post-Doc Andres GUTIERREZ

Banques de séquençage Illumina - Séquençage MiSeq sur la Plateforme Genomer

2015 : T BIARD PhD - Diversité, biogéographie et écologie des Collodaires (Radiolaires) dans l'océan mondial

Métabarcoding sur la série saisonnière 2013-2014 de Villefranche sur Mer (extraction ADN, PCR, séquençage Illumina) et QPCR sur les espèces types de collodaria et solitaria (nombre de copie 18s)

2014-2019 : ANR HAPAR (Laure Guillou) :  Paradoxe d'être un spécialiste pour un parasite de dinoflagellés responsables de bloom.

2013-2014 : Macumba EU Project (Laure Guillou et Fabrice Not) -Marine Microorganisms: Cultivation Methods for Improving their Biotechnological Applications :

Caractérisation d'organismes planctoniques (microalgues symbiotiques, radiolaires (Nasselaria) et de parasites eucaryotes de microalgues) - Etude de la répartition spatiotemporelle de microalgues et de parasites eucaryotes dans l'estuaire de la Penzé (QPCR, 454)

2010-2013 : ANR PARALEX (Laure Guillou) :

Isolement, mise en culture et caractérisation de pathogènes naturels dans la résilience des écosystèmes marins côtiers contaminés par des microalgues toxiques invasives (Alexandrium minutum) - Développement d'un protocole de récolte de souches en vue d'analyse de génomique-transcriptomique - Préparation du matériel pour 2 Génomes et Transcriptomes du parasite Amoebophrya (1 spécialiste et 1 généraliste)

2009 : A-L Sauvadet PhD- Interactions entre ciliés et métazoaires dans deux environnements marins contrastés : les sources hydrothermales et les sédiments anoxiques :

Extraction ADN, PCR, séquençage Sanger

2008-2010 : ANR AQUAPARADOX (Laure Guillou et Nathalie Simon) - Biodiversité des protistes aquatiques : le paradoxe.

Culture et caractérisation de microalgues toxiques invasives (Alexandrium minutum), d'autres Dinoflagellés (Scrippsiella, Ceratium) et de leurs parasites eucaryotes (Amoebophrya).

 

Expériences antérieures

2001-2008 : Technicienne Laboratoire DRUG R&D, Laboratoire de recherche en microbiologie (HB Drugeon et ME Juvin) :

Identification de souches batériennes. Développement de nouvelles méthodes de détermination de l'activité antibiotique. Recherche moléculaire des gènes de résistance aux antibiotiques.

2000 : Technicienne Laboratoire Lactalis Service Qualité - R&D :

Mise au point d'une méthode d'ATP métrie pour le contrôle qualité des produits laitiers.

 

Projets actuels

 

Projet PEACETIME (Anne-Claire Baudoux) : Etude de l'impact du dépôt de poussière (venant du Sahara) sur la diversité virale en mer Méditerranée 

Projet TONGA (Anne-Claire Baudoux) : Etude de l'impact des apports de micronutriments d'origine hydrothermale et volcanique sur les cycles biogéochimiques et les communautés planctoniques et virales (mission en mer Pacifique Sud Ouest 2019)

Projet ANR REGINE (Anne-Claire Baudoux) : Etude du microbiome des thonidés en océans atlantique et indien  (un enjeu écologique, alimentaire et sanitaire) et Approche de thérapie phagique appliquée aux bactéries productrices d’histamine (BPH) du thon.

Projet EC2CO DIANE (Anne-Claire Baudoux) : Etude du microbiome des thonidés (un enjeu écologique, alimentaire et sanitaire en Côte d’Ivoire) et Approche de thérapie phagique

Projet X Life SEAgOInG (Laure Guillou) :  SymbiosE plAncton Omics ImaGerie

 

 

 

Collaborations

Ifremer Brest (Raffaele Siano, Kadidja Klouch), Génoscope ( Sarah Farhat PhD), Ifremer Nantes (Amandine Caruana, Solène Geffroy PhD), CEA Grenoble (Johan Decelle), LOV Observatoire Villefranche sur Mer (Cécile Guieu, Fredéric Gazeau),  LOCEAN (Céline Ridame), Julie Dinasquet (Scripps Institution of Oceanography (SIO))

 

Echantillonnages

2009 à 2012 - Estuaire de la Penzé (Suivi annuel des espèces toxiques et de leurs pathogènes)

2013 - Baie de Morlaix (Carottes de sédiments : Germination de Kystes de Dinoflagellés et datation)

2014 - Villefranche sur Mer (Collodaires : Tests spécificité entre radiolaires et symbionts)

2014 - Naples (Radiolaires)

2016 - Villefranche sur Mer (Holobiontes Collodaires/symbiontes : projet Impekab)

2017 - Mer Méditerrannée (Campagne PEACETIME - N/O Pourquoi pas)

2018 - Villefranche sur Mer (Projet EMBRC-France)

 

Congrès

GDR Génomique Environnementale - Marseille - Septembre 2017 - Estelle Bigeard, Catharina Alves-de-Souza, Karen Lebret, Dominique Marie, Marine Periot, Raffaele Siano, Christian Jeanthon, Laure Guillou - Parasite-microalgae specificity during annual dinoflagellate blooms, E. Bigeard [et al.] (sciencesconf.org:ge2017:161623)

 

 

Publications

Host-parasite dynamics at different scales

  • François Blanquart, Myriam Valero, Catharina Alves-de-Souza, Aliou Dia, Frédéric Lepelletier, Estelle Bigeard, Christian Jeanthon, Christophe Destombe, Laure Guillou (2016). Evidence for parasite-mediated selection during short-lasting toxic algal blooms. In Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences Proc.R Soc.B 283:20161870

  • Z. Klouch K., Schmidt S., Andrieux-Loyer F., Le Gac M., Hervio-Heath D., N. Qui-Minet Z., Quéré J., Bigeard E., Guillou L. & Siano R. (2016). Historical records from dated sediment cores reveal the multidecadal dynamic of the toxic dinoflagellate Alexandrium minutum in the Bay of Brest (France). FEMS Microbiology Ecology. FEMSEC-16-02-0103.R1

  • Dia Aliou, Guillou Laure, Mauger Stéphane, Bigeard Estelle, Marie Dominique, Valéro Myriam, Destombe Christophe (2014). Spatiotemporal changes in the genetic diversity of harmful algal blooms caused by the toxic dinoflagellate Alexandrium minutum. Molecular Ecology. 23:549-560. IF=6.275

Taxonomy/diversity of marine parasites

  • Lepelletier Frédéric, Sergey A. Karpov, Sophie Le Panse, Estelle Bigeard, Alf Skovgaard, Christian Jeanthon, Laure Guillou (2014). Parvilucifera rostrata sp. nov. (Perkinsozoa), a novel parasitoid that infects planktonic dinoflagellates. Protist. 165:31-49 IF = 4.14
  • Lepelletier Frédéric, Sergey A. Karpov, Elisabeth Alacid, Sophie Le Panse, Estelle Bigeard, Esther Garcés, Christian Jeanthon, Laure Guillou (2014). Dinomyces arenysensis gen. et sp. nov. (Rhizophydiales, Dinomycetaceae fam. nov.), a chytrid infecting marine dinoflagellates. Protist. 165:230-244. IF = 4.14

Host-Parasites Interactions / Symbioses

  • Anne-Laure Sauvadet, Denis H. Lynn, Erwan G. Roussel, Sophie Le Panse, Estelle Bigeard, Joseph Schrével and Laure Guillou (2017) Redescription and phylogenetic analyses of Durchoniella spp. (Ciliophora,Astomatida) associated with the polychaete Cirriformia tentaculata (Montagu, 1808) European Journal of Protistology 61 (2017) 265–277
  • David Demory, Laure Arsenieff, Nathalie Simon, Christophe Six, Fabienne Rigaut-Jalabert, Dominique Marie, Pei Ge, Estelle Bigeard, Stéphan Jacquet, Antoine Sciandra, Olivier Bernard, Sophie Rabouille and Anne-Claire Baudoux (2017)Temperature is a key factor in Micromonas–virus interactions. ISME Journal. 1751-7362/17
  • Sarah Farhat, Isabelle Florent, Benjamin Noel, Ehsan Kayal, Corinne Da Silva, Estelle Bigeard, Adriana Alberti, Karine Labadie, Erwan Corre, Jean-Marc Aury, Stephane Rombauts, Patrick Wincker, Laure Guillou* and Betina M. Porcel*(2018) Comparative Time-Scale Gene Expression Analysis Highlights the Infection Processes of Two Amoebophrya Strains Front. Microbiol., https://doi.org/10.3389/fmicb.2018.02251
  • Mendez Sandin M., Pillet L., Biard T., Poirier C., Bigeard E., Romac S., Suzuki N. & Not F. 2018. Time calibrated morpho-molecular classification of Nassellaria (Radiolaria) bioRxiv
  • Emilie Villar*,Vincent Dani,Estelle Bigeard,Tatiana Linhart,Miguel Mendez Sandin,Charles Bachy,Christophe Six,Fabien Lombard,Cécile Sabourault,Fabrice Not* Symbiont chloroplasts remain active during bleaching-like response induced by thermal stress in Collozoum pelagicum (Collodaria, Retaria). Front. Mar. Sci. - Marine Ecosystem Ecology, Submitted on: 08 Jun 2018,DOI: 10.3389/fmars.2018.00387

Environmental ecology

  • Tristan Biard, Estelle Bigeard, Stéphane Audic, Julie Poulain, Andres Guttierez-Rodriguez, Stéphane Pesant, Lars Stemmann and Fabrice Not (2017) Biogeography and diversity of Collodaria (Radiolaria) in the global oceans. ISME Journal. 1751-7362/17