Soutenance de thèse en mars à la Station Biologique de Roscoff : Guilhem Cozien

Titre : «Advancing Sustainable Cultivation of Gelidium spp. for High-Purity Bacteriological Grade Agar Production ».

La présentation aura lieu dans la salle de conférence de la Station Biologique de Roscoff le vendredi 27 mars à 14h.

La soutenance se déroulera en anglais devant un jury composé de :

• Pr Michael Roleda, Professor, University of the Philippines; Marine Science Institute, Reporter
• Pr. Lim Phaik eem,  Professor, Malaya University, Reporter
• M. Régis Gallon, Enseignant-chercheur at Intechmer-CNAM, Examiner
• M. Thomas Burel, Maitre de conférences, Université de Bretagne Occidentale, Examiner
• Pr Justine Dumay, Professor, Nantes Université, Examiner
• Dr. Susana De Matos Fernandes, Professor, Université de Pau et des Pays de l’Adour, Examiner
• Dr. Philippe Potin, Research Director, CNRS UMR 8227, PhD director
• Dr. Diane Jouanneau, Research Engineer, CNRS; UMR8227, PhD co-supervisor
• Dr Bosi Mao, Research Engineer, BioMérieux, PhD co-supervisor
   

Vous trouverez ci-dessous le résumé de ma thèse en français:

L’agar, un polysaccharide d’algue rouge, est essentiel en microbiologie et en diagnostic grâce à sa gélification thermoréversible et son inertie chimique. Alors que l’agar de qualité alimentaire provient principalement de Gracilaria cultivée, l’agar de haute pureté destiné aux applications bactériologiques dépend encore des Gelidium et Pterocladiella sauvages. L’approvisionnement mondial en Gelidium a fortement diminué, la production étant désormais concentrée au Maroc, ce qui crée des vulnérabilités stratégiques pour des industries européennes telles que bioMérieux. Cette étude visait à établir les bases biologiques et génétiques d’une filière de production d’agar durable et ancrée en France, en caractérisant la diversité des Gelidiales indigènes, en optimisant la culture contrôlée et en reliant les paramètres de culture aux propriétés de l’agar pour un usage microbiologique. Un échantillonnage étendu sur 36 sites atlantiques et en Manche (~3 000 spécimens), combiné au barcoding ADN (COI-5P, rbcL) et à la cytométrie en flux, a révélé une diversité inattendue : huit espèces de Gelidium et une de Pterocladiella dont quatre lignées cryptiques de G. pulchellum. Ces différentes lignées ont permis de sélectionner des souches pour des essais de culture contrôlée. Ces cultures ont identifié les principaux facteurs de croissance : température, qualité et photopériode lumineuses, apport nutritif et densité de biomasse, tandis que le passage de flacons à des pilotes extérieurs de 600 L a permis des récoltes à l’échelle du kilogramme, une première pour Gelidium spinosum et Gelidium pulchellum. L’agar extrait de la biomasse cultivée par prétraitement alcalin doux et extraction aqueuse, dont la structure a été confirmée par FTIR, a formé des gels stables et qui ont soutenu la croissance microbienne, bien que la force et la clarté des gels restent inférieures aux standards commerciaux. En intégrant une sélection des souches, une culture ajustée aux saisons et des liens explicites entre conditions de croissance et performance de l’agar, ce travail démontre la faisabilité de produire de l’agar de qualité bactériologique à partir de Gelidiales cultivées en France. Ces résultats constituent une base pour réduire les risques liés à la chaîne d’approvisionnement et permettre une production aquacole durable d’agar pour le diagnostic et la microbiologie.