Le milieu marin est menacé par la pollution, tant l'eutrophisation que les polluants organiques persistants. Dans le contexte de la Directive Cadre sur l'Eau (DCE) et de celle sur la Stratégie pour le Milieu Marin (DCSMM), une évaluation de son bon état écologique est prévue à l'horizon 2020.
Dans ce cadre, cet enseignement théorique et pratique (du terrrain au laboratoire) aborde la caractérisation des habitats littoraux benthiques, selon la typologie européenne (EUNIS et Natura 2000), et la mesure de son état de santé, par des indices écologiques utilisés pour la DCE et la DCSMM. L'étude de la qualité des eaux est réalisée par l'analyse des blooms, toxiques ou non, occasionnant des eaux colorées.
L'impact des constructions (digues...) sur la biodiversité marine est aussi étudié. Des rencontres avec le monde du travail (Parc Marin de l'iroise) permettront de se familiariser avec les pré-requis nécessaires pour établir des aires marines protégées (AMP) fonctionnelles pour le maintien de la biodiversité.