UE Atelier génomique des organismes marins
- Acquisition pratique de techniques moyen et haut débit pour l'étude de l'expression de gènes et des proteines dans le cadre des projets de post-génomique (séquençages de génomes, transcriptomes, banques ESTs)
- Acquisition des principes de base pour réaliser des analyses à partir de données issues du transcriptome et du protéome (logiciels dédiés, méthodes analytiques)
- Approches : génomique, transcriptomique, protéomique
- Organismes modèles : macroalgues et invertébrés (mollusques)
- Méthodes :
- cours sur les différentes techniques de séquençages et profilage, travaux pratiques (PCR quantitative et hybridation puce ADN, électrophorèse 2D, spectrométrie de masse)
- travaux dirigés en salle informatique (analyses de données transcriptomiques et protéomiques à l'aide de logiciels dédiés)
- Cours :
- TD :
- TP :
- Evaluation : rapport sur les travaux pratiques (70%) , examen écrit (30%)
Une formation initiale en biologie moléculaire est conseillée.
Objectifs
- Acquisition pratique de techniques moyen et haut débit pour l'étude de l'expression de gènes et des proteines dans le cadre
des projets de post-génomique (séquençages de génomes, transcriptomes, banques ESTs) - Acquisition des principes de base pour réaliser des analyses à partir de données issues du transcriptome et du protéome (logiciels
dédiés, méthodes analytiques)
Thèmes abordés
- Approches : génomique, transcriptomique, protéomique
- Organismes modèles : macroalgues et invertébrés (mollusques)
- Méthodes :
- cours sur les différentes techniques de séquençages et profilage, travaux pratiques
(PCR quantitative et hybridation puce ADN, électrophorèse 2D, spectrométrie de masse)
- travaux dirigés en salle informatique (analyses de données transcriptomiques et protéomiques à l'aide de logiciels dédiés)
Examens
- rapport sur les travaux pratiques (70%)
- Examen écrit (30%)
Prérequis
Une formation initiale en biologie moléculaire est conseillée.
Equipe pédagogique
Stéphane Egée, Thierry Tonon, Jonas Collen, Arnaud Tanguy, Jean Mary.
Liens
[1] https://www.sb-roscoff.fr/fr/station-biologique-de-roscoff/enseignement/niveau-master/master-biologie-integrative-et-physiologie-bi/specialite-biologie-et-bioressources-marines-bbma/ue-regulation-traductionnelle-des-eucaryotes
[2] https://www.sb-roscoff.fr/fr/station-biologique-de-roscoff/enseignement/niveau-master/master-biologie-integrative-et-physiologie-bi/specialite-biologie-et-bioressources-marines-bbma/ue-projets-de-genomique-marine
[3] https://www.sb-roscoff.fr/fr/station-biologique-de-roscoff/enseignement/niveau-master/master-biologie-integrative-et-physiologie-bi/specialite-biologie-et-bioressources-marines-bbma/ue-biotechnologie-des-algues-marines
[4] https://www.sb-roscoff.fr/fr/station-biologique-de-roscoff/enseignement/niveau-master/master-biologie-integrative-et-physiologie-bi/specialite-biologie-et-bioressources-marines-bbma/ue-adaptation-en-milieu-marin-arom
[5] https://www.sb-roscoff.fr/fr/station-biologique-de-roscoff/enseignement/niveau-master/master-biologie-integrative-et-physiologie-bi/ue-schmid-training-course-established-and-emerging-model-organisms-marine-science
[6] https://www.sb-roscoff.fr/fr/station-biologique-de-roscoff/enseignement/niveau-master/master-biologie-integrative-et-physiologie-bi/specialite-biologie-et-bioressources-marines-bbma/ue-biotechnologies-des-macromolecules-des