Biologie de l'holobionte

Ectocarpus d'eau douce et bacteries

Travailler sur les interactions entre les algues et les bactéries associées est important pour comprendre la physiologie de l'holobionte, notamment la manière dont il s'acclimate ou même s'adapte à son environnement marin (Dittami et al., 2014). Nous abordons cette question en nous intéressant au métabolisme de ces assemblages, en combinant les modèles métaboliques obtenus pour les algues (EctoGEM) et leurs bactéries associées (Dittami et al. 2014), afin de comprendre les processus impliqués lors de l'acclimatation à des changements abiotiques. Actuellement, notre travail est focalisé sur Ectocarpus subulatus, une espèce intéressante pour étudier l'acclimatation des algues brunes, car elle fait preuve d'une tolérance élevée aux stress abiotiques, notamment aux faibles salinités, voir à l'eau douce. De plus, nous avons récemment observé que la capacité d'une souche d'E. subulatus à croître dans l'eau douce est liée à la présence de bactéries (Dittami et al., 2016), ce qui fait de cette souche et de ses bactéries associées un excellent modèle pour étudier comment des interactions avec des bactéries peuvent influencer des processus biologiques fondamentaux, tels que l'adaptation et l'acclimatation chez les eucaryotes.

Laminaires, iode et bacteries

Un autre holobionte étudié dans notre équipe est l’algue brune Laminaria digitata. Cette laminaire présente un métabolisme de défense unique dans le monde vivant, fondé sur l'accumulation d'iodures à sa surface et la production de composés iodés de défense. Nous nous intéressons aux bactéries associées à cette algue pour  comprendre comment le microbiote épiphyte des laminaires a évolué et comment il s’est adapté à cette défense chimique particulière.

L'algue rouge Chondrus crispus et les virus

Après la caractérisation complète du génome de l'algue rouge Chondrus crispus (Collen et al. 2010), des travaux plus récents ont mis en évidence des entités apparentées à des totivirus à ARN chez cette algue, qui auraient été partiellement transférées dans son génome nucléaire au cours de l'évolution (Sylvie Rousvoal et al. 2016).