Services
Conduite de Projet en Génomique (CPG)
Document(s)
Fiche contact
The platform staff carry out the project management, the production of library and hight throughput sequencing (MiSeq-Illumina, MiNION in development) from your samples.
To submit a project or for any more detailed information (first contact), we ak you to complete a "Contact form" (contact, contact detail, information about the project) and send it us at daguin@sb-roscoff.fr and gtanguy@sb-roscoff.fr.
Wich users ?
Genomer platform is open at the Biogenouest scientific community , and, more broadly, at french and foreign academic laboratories
The applications offered by the platform are:
- Library preparation and sequencing on MiSeq-Illumina sequencer
- Sequencing of microbial genomes
- Amplicons...
- Sequencing of library ready to load.
Analysis of sequencing requests filed with the platform and quotation, biling payment:
After analysis of the « Contact form » completed and discussion withthe user, the feasibility of the project is examined by the Genomer platform team.
When the project is sufficiently completed and clearly defined, a engagment form Conduct of Genomics Project (CPG) and a quotation are edited. The project begins upon receipt of the documents (signed commitment form and order form).
If a request cannot be taken care of (machine occupancy calendar, developments not carried out, etc.), the platform can propose that the sequencing project be taken care of by another Biogenouest Génomique platform.
Data produced, making available, confidentility:
Data is made available to the project manager. After rendering the results, the data is securely stored for two months.
An annual activity report shows the projects carried out (title) and indicates the project managers (name).
The Genomer platform provides the user with equipment: Equipment Provision (MAD)
Some equipment requires authorization before use. The platform staff train and support the users so that they are autonomous on the equipment. Examples: qualitative and quantitative verification of samples (Bioanalyzer, Qubit, Labchip GXt, Nanoquant), preparation of libraries before MiSeq sequencing, preparation of samples before Sanger sequencing. The platform reserves the right to review a user's authorization in case of major modifications to the equipment or non-use of the equipment for an extended period.
The online equipment reservation tool is GRR: Resource Management and Reservation, accessible on the platform's website. Only people with a SBR address have access to it (@sb-roscoff.fr). All platform equipment is subject to a reservation. Reservation of equipment is compulsory and must comply with the actual time of use of the equipment. In case of improper booking, platform staff can modify the reservation and impose schedules to allow other users to use the equipment.
A procedure and / or instructions for using the equipment are made available to users. The user can ask to the staff of the platform if he encounters difficulties in using the equipment. The platform is committed to the proper functioning of self-service equipment, provided that the user respects the operating procedure in force.
The proper functioning of self-service equipment depends on respect with the operating instructions and the care taken in their maintenance. Any repair or replacement due to any deterioration of the equipment resulting from an error or non-respect of the rules is the responsibility of the unit or the user organisation responsible for the degradation.
List of equipments MAD : see Equipment section
MISE A DISPOSITION D'EQUIPEMENTS
La plate-forme GENOMER met à disposition de l’utilisateur des équipements en libre-service : Mise A Disposition (MAD). Certains équipements nécessitent une habilitation avant toute utilisation. Elle est dispensée par le personnel de la plate-forme après formation de l’utilisateur. La plate-forme se réserve le droit de revoir l’habilitation d’un utilisateur en cas d’évolution importante de l’équipement ou de non-utilisation de l’équipement pendant une période prolongée.
L’outil de réservation en ligne des équipements est la GRR : Gestion des Ressources et Réservation. (http://application.sb-roscoff.fr/intranet/grr) accessible sur le site Internet de la plate-forme. Seules les personnes ayant une adresse station y ont accès ( ). Tous les équipements de la plateforme sont soumis à une réservation. La réservation des équipements, préalablement à leur utilisation, est obligatoire et doit être conforme au temps d’utilisation réel des équipements. En cas de réservation abusive, le personnel de la plate-forme peut modifier les plages réservées et imposer des horaires afin de permettre à d’autres utilisateurs d’utiliser l’équipement.
Un mode opératoire et/ou une notice d’utilisation de l’équipement sont mis à disposition des utilisateurs. L’utilisateur peut faire appel au personnel de la plate-forme s’il rencontre des difficultés pour l’utilisation de l’équipement. La plate-forme s’engage au bon fonctionnement des équipements en libre service, sous condition du respect par l’utilisateur du mode opératoire en vigueur.
Le bon fonctionnement des équipements en libre-service dépend du respect des consignes d’utilisation et du soin apporté à leur maintenance. Toute réparation ou tout remplacement dû à une quelconque dégradation des équipements résultant d’une erreur ou du non respect des règles d’utilisation est à la charge de l’unité ou de l’organisme de rattachement de l’utilisateur responsable de la dégradation.
Tous les trimestres, un devis sera établi à l'utilisateur sur la base des consommables utilisés.
Links
[1] https://www.sb-roscoff.fr/sites/www.sb-roscoff.fr/files/documents/station-biologique-roscoff-fiche-contact-6849.doc
[2] https://www.sb-roscoff.fr/en/roscoff-marine-station/services/technological-core-facilities/genomics-core-facility/equipment