LC MS

Composantes de l’appareillage :

UHPLC Ultimate 3000 (Dionex)

LTQ Orbitrap (Thermo)

• LTQ: Linear Ion Trap
• Orbitrap: piège d’ions électrostatique, aussi appelé trappe Orbitale à transformée de Fourier (FTMS)

Les analyses sont réalisées par les personnels de la plate-forme, mais peuvent être également réalisées par des utilisateurs formés (externes ou internes à la station).

Le spectromètre de masse est couplé à une UHPLC Ultimate 3000 (Dionex) pour les analyses de métabolomique.

L’ionisation de l’échantillon est de type electrospray (ESI) et peut se faire en mode positif et/ou négatif.

La gamme de masse peut aller de 0 à 2000 en rapport m/z, au niveau de la trappe LTQ (premier analyseur) et de l'orbitrap (second analyseur).

Ce spectromètre de masse possède également un dispositif d’infusion directe, offrant une optimisation maximale des conditions de détection.

Nous utilisons le logiciel Xcalibur (Thermo) et le Worflow4Metabolomics pour le traitement de données, l'analyse de spectre, l'analyse statistique, l'interrogation de bases de données en libre accès...

Ce workflow permet d’obtenir un fichier regroupant les masses éluées au même temps de rétention dans un même groupe (pcgroup), les éventuels adduits et/ou isotopes ; pour ainsi cibler une zone particulière lors d’une analyse en mode non ciblée.

La plateforme dispose de certains standards (acides aminés, acides gras, stérols…) pour l’analyse ciblée.

L’utilisation de cette machine est facturée et se fait via un contrat de collaboration (voir la rubrique prestation). En couplage avec l'UHPLC, il sert aux analyses (qualitative et/ou quantitative) de métabolites d'origine marine :

• eau de mer
• fluides
• tissus

Plus spécifiquement, la plateforme analyse par exemple des collodaires, des bactéries, des microalgues, des dinoflagellés (ex : gymnodinium, brandtodinium et pelagodinium)…