Prestations - Plateforme Genomer
Conduite de Projet en Génomique (CPG)
Document(s)
Fiche contact
Le personnel de la plate-forme réalise la conduite de projet, la production de banques et la réalisation de séquençage haut débit (MiSeq - Illumina, MinION en développement) à partir de vos échantillons.
Pour déposer un projet ou pour tous renseignements plus détaillés (premier contact), nous vous demandons de renseigner une « Fiche Contact » (contact, coordonnées, informations sur le projet) et de nous l’adresser à pf-genomer@sb-roscoff.fr.
Quels utilisateurs ?
La plate-forme Genomer est ouverte à la communauté scientifique de Biogenouest, et, plus largement, aux laboratoires académiques Français et étrangers.
Les applications offertes par la plateforme sont :
- Préparation de librairies et séquençage sur Séquenceur MiSeq-Illumina.
- Séquençage de génomes microbiens
- Amplicons…
- Ready-to-seq : séquençage de banques prêtes à séquencer
Analyse des demandes de séquençage déposées auprès de la plateforme et devis, paiement facturation :
Après analyse de la « Fiche Contact » complétée et discussion avec l’utilisateur, la faisabilité du projet est examinée par l’équipe de la plateforme Genomer.
Quand le projet est suffisamment abouti et clairement défini, une fiche d'engagement Conduite de Projet en Génomique (CPG) et un devis sont édités. Le projet débute dès réception des documents (fiche d'engagement signée et bon de commande).
Si une demande ne peut pas être prise en charge (calendrier d'occupation machine, développements non effectués...), la plateforme peut proposer que le projet de séquençage soit pris en charge par une autre plateforme de Biogenouest Génomique.
Données produites, mise à disposition, confidentialité :
Les données produites sont mises à disposition du responsable du projet. Après le rendu des résultats, les données sont stockées de manière sécurisée pendant deux mois.
Un bilan d'activité annuel fait état des projets réalisés (titre) et indique les porteurs de projet (nom).
La plate-forme GENOMER met à disposition de l’utilisateur des équipements: Mise A Disposition (MAD).
Certains équipements nécessitent une habilitation avant toute utilisation. Le personnel de la plate-forme forme et accompagne les utilisateurs pour qu'ils soient autonomes sur les équipements. Exemples: vérification qualitative et quantitative des échantillons (Bioanalyzer, Qubit, Labchip GXt, Nanoquant), préparation de librairies avant séquençage MiSeq, préparation d'échantillons avant séquençage Sanger.
La plate-forme se réserve le droit de revoir l’habilitation d’un utilisateur en cas d’évolution importante de l’équipement ou de non-utilisation de l’équipement pendant une période prolongée.
L’outil de réservation en ligne des équipements est la GRR : Gestion et Réservation de Ressources, accessible sur le site Internet de la plate-forme. Seules les personnes ayant une adresse station y ont accès (---------@sb-roscoff.fr). Tous les équipements de la plateforme sont soumis à une réservation. La réservation des équipements, préalablement à leur utilisation, est obligatoire et doit être conforme au temps d’utilisation réel des équipements. En cas de réservation abusive, le personnel de la plate-forme peut modifier les plages réservées et imposer des horaires afin de permettre à d’autres utilisateurs d’utiliser l’équipement.
Un mode opératoire et/ou une notice d’utilisation de l’équipement sont mis à disposition des utilisateurs. L’utilisateur peut faire appel au personnel de la plate-forme s’il rencontre des difficultés pour l’utilisation de l’équipement. La plate-forme s’engage au bon fonctionnement des équipements en libre service, sous condition du respect par l’utilisateur du mode opératoire en vigueur.
Le bon fonctionnement des équipements en libre-service dépend du respect des consignes d’utilisation et du soin apporté à leur maintenance. Toute réparation ou tout remplacement dû à une quelconque dégradation des équipements résultant d’une erreur ou du non respect des règles d’utilisation est à la charge de l’unité ou de l’organisme de rattachement de l’utilisateur responsable de la dégradation.
La liste des équipements MAD : voir Rubrique Équipements.