La plate-forme METABOMER est constituée de trois composantes : Isotopes Stables, Métabolomique et Macromolécules Biologiques, avec chacune un ingénieur dédié.
Un comité d’utilisateurs composé d’un conseiller scientifique pour chaque composante et de collègues massistes extérieurs se réunit plusieurs fois par an pour discuter du fonctionnement au quotidien, du renouvellement des machines, des projets.