Ingénieur(e) de recherche

Spécialiste en cytométrie en flux

Dominique Marie

Responsabilité du service de cytométrie en flux de la Station Biologique de Roscoff qui comprend un trieur à haute vitesse (FACS Aria, Becton Dickinson) installé en 2003, quatre analyseurs (FACS Canto II, Becton Dickinson, 2008) et Cell Lab Quanta (Beckman coulter, 2009), un Accuri C6 (Becton Dickinson 2011) et un Guava EasyCyte HT (Millipore 2016).  Cette responsabilité implique la maintenance des cytomètres en flux, la gestion et la formation des utilisateurs.

Analyse d'échantillons naturels ou de cultures, analyse des données, présentation et publications des résultats. Développements méthodologiques en lien avec la cytométrie en flux dans le domaine marin. Tri par cytométrie en flux pour des besoins de biologie moléculaire ou pour l’obtention de cultures de microalgues.

 

Parcours

Entré au CNRS fin 1981, j’ai exercé mon activité pendant onze ans dans des domaines très différents : microbiologie, chimie organique, biologie végétale. Ceci m’a permis d'être confronté à une grande variété de techniques parmi lesquelles la cytométrie en flux, technique déjà répandue dans le domaine biomédical à l'époque, mais balbutiante dans le domaine de l'écologie marine. En 1992, Daniel Vaulot (DR CNRS) m’a convaincu de le rejoindre à la

Station Biologique de Roscoff, dans l'équipe Plancton Océanique qu'il dirigeait et qui était composée de 4 personnes dont 2 permanents. Il m’a confié la responsabilité du service de cytométrie qu'il souhaitait développer pour l'étude du plancton marin.

Dans le cadre de mes missions j’ai participé à des campagnes océanographiques avec cytomètre en flux embarqué (OLIPAC: 1994; MINOS: 1996 et PROSOPE: 1999; Workshop PROMOLEC: 2000; BIOSOPE 2004; MALINA 2009, CEFAS 2011, Green Edge 2016).

J’ai  formé des techniciens et des chercheurs à l’étranger (Israël, Chili, Norvège, Islande) dans le domaine de la cytométrie en flux.

J’ai également enseigné la cytométrie en microbiologie et biologie marine (Montpellier, Clermont-Ferrand, Roscoff).

 

Publications

Until this day (May 2019), I have been implied in 131 publications, among which 111 are ranked A, as main or co-author.

Guillot L., Delage L., Viari A., Vandenbrouck Y., Com E., Ritter A., Lavigne R., Marie D.,  Peterlongo P., Potin P. and Pineau C. 2019. Peptimapper: proteogenomics workflow for the expert annotation of eukaryotic genomes. BMC Genomics  20:56. https://doi.org/10.1186/s12864-019-5431-9

Demory, D., Baudoux, A., Monier, A., Simon, N., Six, C., Ge, P., Marie, D. et al. 2019. Picoeukaryotes of the Micromonas genus : sentinels of a warming ocean. ISME J. Vol.13, Issue 1, pages 132-146

S. A. Bulat, M. V. Doronin, G. P. Pavlov, D. S. Karlov, D. Marie and J.-R. Petit. 2018. Unknown Widespread Iron- and Sulfur-Oxidizing Bacteria beneath the East Antarctic Ice Sheet. ISSN 0031-0301, Paleontological Journal, Vol. 52, No. 10, pp. 1196–1203

Partensky F., Mella-Flores D., Six C., Garczarek L., Czjzek M., Marie D., Kotabová E., Felcmanová K. and Prášil O. 2018. Comparison of Photosynthetic Performances of Marine Picocyanobacteria with Different Configurations of the Oxygen Evolving Cluster. Photosynthesis Research 138: 57-71. https://doi.org/10.1007/s11120-018-0539-3

Gérikas Ribeiro C., Lopes dos Santos A., Marie D., Pereira Brandini F. and Vaulot D. 2018. Small eukaryotic phytoplankton communities in tropical waters off Brazil are dominated by symbioses between Haptophyta and nitrogen-fixing cyanobacteria. The ISME Journal https://doi.org/10.1038/s41396-018-0050-z

Partensky F., Six C., Ratin M., Garczarek L., Vaulot D., Probert I., Calteau A., Gourvil P., Marie D., Grébert T., Bouchier C., Le Panse S., Gachenot M., Rodríguez F. and Garrido J.L. 2018. A novel species of the marine cyanobacterium Acaryochloris with a unique pigment content and lifestyle. Nature Scientific Reports (2018) 8:9142 | DOI:10.1038/s41598-018-27542-7