Créé(e) 01/04/2015 Mis à jour 04/09/2015

Une stratégie, que nous appliquons pour faciliter l'identification de nouvelles protéines impliquées dans le catabolisme des polysaccharides, est de combiner la génomique comparative de bactéries marines avec le profilage catabolique des mêmes bactéries.  En collaboration avec Eric Duchaud (INRA, Jouy-en-Josas), nous avons récemment séquencé les génomes d'une autre espèce de Zobellia, Z. uliginosa, ainsi que d'une bactérie fucanolytique de la famille des flavobacterium, Mariniflexe fucanivorans. Dans le cadre du projet IDEALG nous allons séquencer encore d'autres bactéries isolées d'algues et identifiés pour être important dans la catabolisation des polysaccharides, tels que Z. amurkyensis, Z. laminariae and Z. russeli, M. gromovii, M. aquimaris et M. jejuense. Dans le cadre du projet ANR Blue Enzymes, ces génomes seront annotés et comparés pour établir le répertoire minimal commun pour l'utilisation de polysaccharides spécifiques; en parallèle, le profil d'utilisation des polysaccharides est déterminé pour ces bactéries, et la corrélation nous permettra d'affiner le choix de nos cibles et d'identifier encore plus d'enzymes nouvelles potentiellement impliqués dans l’assimilation des polysaccharides, pour une expression hétérologue et caractérisation biochimique.