Post-doctorant

Cedric Berney

Axes de recherche

Je suis le coordinateur du projet UniEuk (www.unieuk.org), qui a pour but de construire une taxonomie universelle pour les eucaryotes (en particulier les protistes), basée sur la phylogénie, et qui puisse être appliquée aux séquences génétiques de bases de données publiques comme GenBank. Initiative ouverte mettant en avant l'expertise des membres de la communauté scientifique, UniEuk inclut de nombreux partenaires internationaux et est financé par la Gordon & Betty Moore Foundation, ainsi que l'International Society of Protistologists et la NSF. Le projet réunit trois modules complémentaires: EukRef (annotation taxonomique de séquences 18S rDNA), EukBank (base de données de métabarcodes environnementaux pour étudier la diversité des eucaryotes), et EukMap (outil en ligne pour visualiser la taxonomie sous forme d'un arbre navigable et éditable). La taxonomie est alors implémentée à l'European Nucleotide Archive (EMBL-EBI), assurant son utilisation et préservation à long terme comme taxonomie de référence pour les eucaryotes.

 

Parcours

Ma formation couvre les techniques de laboratoire allant de l'amplification de gènes par PCR au clonage et séquençage d'amplicons, ainsi que les différentes méthodes de phylogénie moléculaire. Dès mon doctorat et au cours de mes projets de recherche postdoctorale je me suis spécialisé dans la phylogénie de différents groupes d'eucaryotes unicellulaires, principalement des protistes amoeboïdes appartenant aux supergroupes Amoebozoa et Rhizaria. Afin de comprendre ces organismes  aux gènes souvent très divergents, une connaissance générale de l'évolution et de la diversité des eucaryotes m'a été nécessaire. Je me suis aussi très vite intéressé au potentiel d'approches génétiques sans isolation en culture pour appréhender la diversité globale des protistes dans différents environnements. Mon expertise actuelle couvre ainsi la phylogénie, la diversité, la taxonomie et l'écologie de la plupart des groupes d'eucaryotes.

 

Publications

  • Adl SM, Bass D, Lane CE, Lukeš J, Schoch CL, Smirnov A, Agatha S, Berney C, Brown MW, Burki F, Cárdenas P, Čepička I, Chistyakova L, del Campo J, Dunthorn M, Edvardsen B, Eglit Y, Guillou L, Hampl V, Heiss AA, Hoppenrath M, James TY, Karnkowska A, Karpov S, Kim E, Kolisko M, Kudryavtsev A, Lahr DJG, Lara E, Le Gall L, Lynn DH, Mann DG, Massana R, Mitchell EAD, Morrow C, Park JS, Pawlowski JW, Powell MJ, Richter DJ, Rueckert S, Shadwick L, Shimano S, Spiegel FW, Torruella G, Youssef N, Zlatogursky V, Zhang Q. 2019. Revisions to the classification, nomenclature, and diversity of Eukaryotes. J. Eukaryot. Microbiol. 66:4-119.        |    doi: 10.1111/jeu.12691
  • Bass D, Tikhonenkov DV, Foster R, Dyal P, Janouškovec J, Keeling PJ, Gardner M, Neuhauser S, Hartikainen H, Mylnikov AP, Berney C. 2018. Rhizarian ‘Novel Clade 10’ revealed as abundant and diverse planktonic and terrestrial flagellates, including Aquavolon n. gen. J. Eukaryot. Microbiol. 65:828-842.

    |    doi: 10.1111/jeu.12524

  • del Campo J, Kolisko M, Boscaro V, Santoferrara LF, Nenarokov S, Massana R, Guillou L, Simpson A, Berney C, de Vargas C, Brown MW, Keeling PJ, Wegener Parfrey L. 2018. EukRef: Phylogenetic curation of ribosomal RNA to enhance understanding of eukaryotic diversity and distribution. PLoS Biol. 16:e2005849.

        |    doi: 10.1371/journal.pbio.2005849

  • Berney C, Ciuprina A, Bender S, Brodie J, Edgcomb V, Kim E, Rajan J, Wegener Parfrey L, Adl S, Audic S, Bass D, Caron DA, Cochrane G, Czech L, Dunthorn M, Geisen S, Glöckner FO, Mahé F, Quast C, Kaye JZ, Simpson AGB, Stamatakis A, del Campo J, Yilmaz P, de Vargas C. 2017. UniEuk: time to speak a common language in protistology! J. Eukaryot. Microbiol. 64:407-411.    |    doi: 10.1111/jeu.12414
  • Mahé F, de Vargas C, Bass D, Czech L, Stamatakis A, Lara E, Singer D, Mayor J, Bunge J, Sernaker S, Siemensmeyer T, Trautmann I, Romac S, Berney C, Kozlov A, Mitchell EAD, Seppey CVW, Egge E, Lentendu G, Wirth R, Trueba G, Dunthorn M. 2017. Parasites dominate hyperdiverse soil protist communities in Neotropical rainforests. Nat. Ecol. Evol. 1:0091.    |    doi: 10.1038/s41559-017-0091